勤務医のふるさと納税上限 年収1,500〜3,000万円

ふるさと納税の控除上限は、仲介サイトのシミュレーターに年収を入れれば数字が出ます。ただ、勤務医の場合はその数字をそのまま信じにくい事情がいくつも重なります。常勤先と外勤先の両方から給与が出る、講演料や原稿料がある、給与収入が2,000万円を超えて確定申告が必須になる、住宅ローン控除やiDeCoを併用している、といった事情です。

この記事では、年収1,500万円から3,000万円の勤務医を想定し、控除上限を条文の計算式から組み立て直します。あわせて、ワンストップ特例が使えなくなる条件、2025年10月のポイント付与禁止をはじめとする最近の制度変更、住宅ローン控除やiDeCoとの関係を整理します。根拠は地方税法第37条の2・第314条の7・附則第7条(e-Gov法令検索)、総務省ふるさと納税ポータルサイト、国税庁タックスアンサーで、いずれも2026年10月31日に本文を開いて確認しました。個別の寄附額を助言するものではありません。

先に答え: 上限を決めるのは「住民税所得割の20%」

ふるさと納税で寄附額から2,000円を引いた額が戻ってくるのは、次の3つの控除の合計によります。総務省ふるさと納税ポータルサイト「税金の控除について」と国税庁タックスアンサーNo.1155の説明を並べると、こうなります。

• 所得税: (寄附額−2,000円)を所得控除(寄附金控除)として差し引く。結果として、戻る額は(寄附額−2,000円)×所得税率
• 住民税の基本分: (寄附額−2,000円)×10%を税額控除
• 住民税の特例分: (寄附額−2,000円)×(100%−10%−所得税率)を税額控除。ただし住民税所得割額の20%が限度

3つを足すと、所得税率がいくつであっても(寄附額−2,000円)の全額になります。ところが特例分には「所得割額の20%まで」という天井があります。総務省のポータルサイトは、特例分がこの2割を超える場合には3つの控除を合計しても全額が控除されず、実質負担額が2,000円を超えると明記しています。つまり「自己負担2,000円で済む寄附額の上限」は、特例分がちょうど所得割の20%に届く寄附額のことです。

この天井は条文では地方税法第314条の7第11項(市町村民税)と第37条の2第11項(道府県民税)にあります。第314条の7第11項は、特例控除額が「所得割の額の百分の二十に相当する金額を超えるときは、当該百分の二十に相当する金額とする」と定めています。式にすると次のとおりです。

上限寄附額 = 住民税所得割額 × 20% ÷ (90% − 所得税率 × 1.021) + 2,000円

1.021は復興特別所得税の分です。地方税法附則第5条の6が、令和20年度分までの住民税について特例控除の割合を読み替えており、たとえば課税所得1,800万円超4,000万円以下の区分の「百分の五十」を「百分の四十九・一六」としています。90%−40%×1.021=49.16%なので、式の分母と一致します。

年収別の上限を計算する

では、年収1,500万円から3,000万円までの4つの水準で上限を計算します。計算の前提は次のとおりです。いずれも説明用の仮置きで、実際の上限は源泉徴収票と住民税の決定通知書の数字で計算し直す必要があります。

• 2026年中に寄附し、2027年度(令和9年度)の住民税から控除される場合
• 給与収入は常勤先と外勤先の合計。給与以外の所得はなし
• 独身で扶養親族なし。所得控除は社会保険料と基礎控除だけ
• 社会保険料は年収1,500万円で200万円、2,000万円で220万円、2,500万円で230万円、3,000万円で240万円と仮定

手順1: 給与所得を出す

国税庁タックスアンサーNo.1410によると、令和8年分の給与所得控除は給与収入850万円超で195万円の上限に達します。年収1,500万円以上の勤務医は全員がこの上限にいるため、給与所得は給与収入から195万円を引いた額です。給与を2か所から受けている場合も、同No.1410の注記にあるとおり源泉徴収票の支払金額を合計して計算します。外勤先ごとに195万円を引けるわけではありません。

手順2: 住民税の課税所得と所得割を出す

住民税の基礎控除は、地方税法第314条の2第2項で、合計所得金額2,400万円以下なら43万円、2,400万円超2,450万円以下なら29万円、2,450万円超2,500万円以下なら15万円で、2,500万円を超えるとゼロになります。給与所得から社会保険料と基礎控除を引いた額が住民税の課税所得で、その10%(標準税率)から調整控除を引いた額が所得割です。

手順3: 所得税率を決める

特例分の割合を決める所得税率は、所得税の確定申告上の税率そのものではありません。第314条の7第11項は、住民税の課税総所得金額から「人的控除差調整額」を差し引いた金額に応じて割合を決めると定めています。総務省のポータルサイトも、ここで使う所得税率は所得税の計算に使う税率と異なる場合があると注記しています。

しかも令和8年度改正後の条文では、人的控除差調整額に「所得税の基礎控除の額から48万円を控除して得た額」が加わっています。国税庁タックスアンサーNo.1199によると、令和8年分の所得税の基礎控除は合計所得金額655万円超2,350万円以下で62万円なので、この層では14万円が上乗せされます。税率の境目(課税所得1,800万円)の近くにいる人以外は結論が変わらない程度の差ですが、シミュレーターの古い計算式とずれる原因になり得ます。

手順4: 上限寄附額を出す

所得割の20%を(90%−所得税率×1.021)で割り、2,000円を足します。結果は次のとおりです。

年収2,000万円と2,500万円の間で上限の伸びが大きくなるのは、適用税率が33%から40%に上がり、分母の(90%−所得税率×1.021)が小さくなるためです。所得税率が高い人ほど、同じ所得割の20%で受け止められる寄附額が大きくなります。

なお、所得税の寄附金控除は総所得金額等の40%、住民税の基本分は30%が対象寄附額の上限です(総務省ポータルサイト、国税庁No.1155)。この所得帯では20%の天井のほうがはるかに先に効くため、40%・30%の上限を意識する場面はほぼありません。

配偶者や子がいる場合

配偶者控除や扶養控除があると課税所得が下がり、上限も下がります。ただし配偶者控除は、国税庁No.1191の表のとおり、納税者本人の合計所得金額が1,000万円を超えると適用されません。年収1,500万円以上の勤務医は、配偶者の収入がゼロでも配偶者控除で上限が下がることはない、ということです。16歳以上の扶養親族がいる場合は扶養控除の分だけ下がります。

副業の所得は上限を押し上げる

勤務医の「副業」は、大きく2種類に分かれます。外勤や当直のアルバイトのように雇用契約で給与として受け取るものと、講演料、原稿料、監修料、業務委託の産業医報酬のように雑所得や事業所得になるものです。

給与で受け取る外勤は、手順1で書いたとおり常勤先の給与と合算されます。給与所得控除はすでに上限に達しているので、外勤の収入はほぼそのまま所得の増加になります。

雑所得の場合も、必要経費を引いた残りが総所得金額に加わります。試算では、年収2,000万円の人に雑所得200万円が加わると、上限寄附額は約54.9万円から約62.0万円に上がりました。所得が増えれば所得割も増えるので、上限は上がります。

注意したいのは、雑所得の額が確定するのが年明けになりやすい点です。12月に駆け込みで寄附する時点では、講演料の支払調書がまだ揃っていないことがあります。経費の計上漏れや支払調書の金額違いで所得が下振れすると、上限も下がります。前年の実績から見て確度の高い所得だけで計算し、残りは翌年に回すほうが安全です。

ワンストップ特例が使えない勤務医

ワンストップ特例は、確定申告をせずに住民税の控除を受けられる仕組みです。地方税法附則第7条第1項は、申告特例の対象者を「所得税法第百二十条第一項の規定による申告書を提出する義務がないと見込まれる者」などに限っています。同条第2項は、申告特例の求めを行う自治体が5以下と見込まれる場合に限るとしています。

この所得帯の勤務医がワンストップ特例を使えない典型は、次の3つです。

1. 給与収入が2,000万円を超える

国税庁タックスアンサーNo.1900は、確定申告が必要な給与所得者の1番目に「給与の年間収入金額が2,000万円を超える人」を挙げています。常勤先と外勤先の合計で2,000万円を超えれば、年末調整では税額が確定しません。この時点でワンストップ特例の対象外です。

2. 2か所以上から給与を受け、年末調整されない給与と他の所得の合計が20万円を超える

同じくNo.1900の3番目です。常勤先で年末調整を受け、外勤先の給与は年末調整されないという形の勤務医は、外勤の年収が20万円を超えるだけで申告義務が生じます。年収1,500万円台でも、外勤があればこの条件に当たることが多いです。

3. 給与以外の所得が20万円を超える

講演料や原稿料などの雑所得が20万円を超える場合です(No.1900の2番目)。

このほか、医療費控除を受けるために申告する場合、住宅ローン控除の1年目で申告する場合、6団体以上に寄附した場合も、ワンストップ特例では済みません。国税庁No.1155は、確定申告を行う方はワンストップ特例の申請が無効になると明記しています。附則第7条第6項も、所得税について申告不要とならなくなったときや住民税の申告書を提出したときは、申告特例の求めは「なかつたものとみなす」としています。

実務上の落とし穴は、ワンストップ特例の申請書を出したあとで確定申告をする場合です。申告書にふるさと納税を書き漏らすと、ワンストップで申請した分も含めて控除が消えます。国税庁No.1155は、ワンストップ分も含めて寄附金控除額を計算すること、確定申告書第二表の「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附(特例控除対象)」欄にも金額を必ず記載することを求めています。この欄が空欄だと、住民税の賦課決定で控除されないことがあると注意書きがあります。書き漏らした場合には更正の請求で直せますが、所得税額に変動がないときは更正の請求ができず、市区町村への相談になるとされています。

給与収入が2,000万円前後の勤務医の確定申告の手順は、年収2,000万円の勤務医の確定申告で整理しています。

最近の制度変更: 寄附する側に関係するもの

ふるさと納税の制度変更は、自治体側の指定基準に関するものが多く、寄附する側に直接は見えにくいものです。そのなかで寄附者の行動や控除額に関わるものを3つ挙げます。

2025年10月1日: ポイント付与を伴う募集の禁止

総務省は令和6年6月28日付けの報道資料「ふるさと納税の指定基準の見直し等」で、告示の改正(令和6年総務省告示第203号)を公表しました。主な改正内容の1つめは「寄附に伴いポイント等の付与を行う者を通じた募集を禁止すること」で、令和7年10月1日から適用とされています。

指定基準は自治体を縛るルールです。地方税法第37条の2第2項・第314条の7第2項に基づく総務大臣の指定を受けた自治体への寄附だけが特例控除の対象になります。そのため自治体は、指定を守るためにポイントを付与する仲介サイト経由の募集をやめることになります。寄附者から見ると、2025年10月以降は仲介サイト独自のポイント還元を前提に寄附先や時期を選ぶ意味がなくなった、ということです。

2026年12月1日施行: 所得税の基礎控除と給与所得控除の改正

国税庁No.1199とNo.1410によると、令和8年分の基礎控除と給与所得控除の改正規定は令和8年12月1日に施行されます。この記事の層では、所得税の基礎控除が62万円になることが手順3の人的控除差調整額に効きます。上限への影響は小さいものの、2026年分は年の途中で計算の前提が変わった年です。夏までに作った試算は作り直す価値があります。

2027年1月1日以後の寄附: 特例控除額に193万円の上限

総務省「地方税法等の一部を改正する法律の概要」(令和8年法律第2号関係)は、特例控除額について「193万円(給与収入1億円相当)」を上限として新たに設定し、令和9年寄附分から適用するとしています。注記には、これは438万円を寄附した場合の特例控除額であり、寄附額に上限はないとあります。総務省自治税務局の令和8年3月24日付け資料も同じ内容で、上限を超えた場合でも基本分の控除は適用されると説明しています。

この上限は改正法(地方税法等の一部を改正する法律、令和8年法律第2号)によるもので、e-Gov法令検索に収録された改正後の条文(令和9年1月1日施行分)では、第37条の2第11項に道府県民税分77万2千円、第314条の7第11項に市町村民税分115万8千円の上限が加わっています(指定都市は配分が異なります)。合計すると193万円です。

年収1,500万円から3,000万円の勤務医は、上の試算で上限寄附額が100万円前後までなので、この193万円の上限にはまず届きません。開業後に所得が大きく伸びた場合や、退職金・不動産の売却益がある年に関係してきます。

住宅ローン控除との関係

住宅ローン控除とふるさと納税は、控除の仕組みが違うため、基本的にはぶつかりません。ただし勤務医の所得帯では、論点が2つあります。

1つめは住宅ローン控除の所得要件です。国税庁タックスアンサーNo.1211-1によると、住宅ローン控除はその年の合計所得金額が2,000万円以下の年にしか受けられません(床面積40平方メートル以上50平方メートル未満の特例居住用家屋等は1,000万円以下)。給与だけなら給与収入2,195万円が境目です。この線を越える年は、住宅ローン控除がゼロになる一方、所得が増えた分だけふるさと納税の上限は上がります。詳しい計算は医師の住宅ローン控除にまとめています。

2つめは、住宅ローン控除の住民税への繰越しが、ふるさと納税の20%の天井を削るかどうかです。所得税から引ききれなかった住宅ローン控除は翌年度の住民税から控除されますが、第314条の7第11項の「所得割の額」は、第314条の3(税率)と第314条の6(調整控除)を適用した後の額と書かれています。条文の文言からは、住宅ローンの税額控除を引く前の所得割で20%を計算すると読めます。ただし実際の計算は住所地の市区町村が行うため、繰越しが大きい人は市区町村に確認してください。この所得帯では所得税額が十分大きく、住民税への繰越し自体がほとんど生じないので、実際に気にする場面は少ないでしょう。

むしろ注意したいのは手続です。住宅ローン控除の1年目は確定申告が必要なので、その年はワンストップ特例が使えません。2年目以降に年末調整で住宅ローン控除を受け、外勤もない人だけがワンストップの対象に戻ります。

iDeCoとの関係

iDeCoの掛金は全額が小規模企業共済等掛金控除として所得から差し引かれます。所得が下がれば住民税所得割も下がるので、ふるさと納税の上限は少し下がります。

試算では、年収2,000万円の人がiDeCoに年30万円拠出すると、上限寄附額は約54.9万円から約53.8万円に、約1.1万円下がりました。iDeCoの節税効果(所得税33%・住民税10%の合計43%に復興特別所得税を加えて約13万円)と比べれば小さな差です。iDeCoをやめてふるさと納税の枠を広げるという判断にはなりません。

順序として大事なのは、上限を計算するときに、その年のiDeCo掛金を所得控除に入れておくことです。前年の源泉徴収票をそのまま使うと、その年から始めたiDeCoや増額した掛金の分だけ上限を過大に見積もります。NISAとiDeCoのどちらを先に使うかは医師のNISAとiDeCoの優先順位で扱っています。

上限の計算を外さないための手順

最後に、年末に寄附額を決めるときの手順をまとめます。

1. その年の給与収入を、常勤先と外勤先の両方で見込む。12月分の給与と賞与を入れる
2. 講演料などの雑所得を、経費を引いた後の額で見込む。確度の低いものは入れない
3. 社会保険料、iDeCo掛金、生命保険料控除など、その年の所得控除を入れる
4. 住民税の所得割を計算し、上の式で上限を出す
5. 仲介サイトのシミュレーターの結果と比べ、大きくずれていれば前提の違いを確認する
6. 確定申告をする場合は、ワンストップ特例の申請分も含めて申告書の第二表に記載する

上限ぎりぎりまで寄附すると、所得の見込み違いで2,000円を超える負担が出ます。逆に、上限を少し下回る寄附で失うのは、控除の枠の一部だけです。見込みに幅がある年は、計算した上限の9割程度にとどめるのが無難です。

大学や研究機関への寄附を考えている場合は、ふるさと納税とは別の寄附金控除の枠組みになります。医師の大学への寄附金控除をあわせて確認してください。

まとめ

• ふるさと納税の上限は、住民税の特例分が所得割の20%に届く寄附額で決まる(地方税法第314条の7第11項・第37条の2第11項)
• 上限寄附額 = 所得割 × 20% ÷ (90% − 所得税率 × 1.021) + 2,000円
• 独身・給与のみの仮定では、年収1,500万円で約38万円、2,000万円で約55万円、2,500万円で約83万円、3,000万円で約105万円が目安
• 給与収入2,000万円超、外勤の年末調整されない給与と他の所得の合計が20万円超、雑所得20万円超のいずれかでワンストップ特例は使えない。確定申告で第二表の住民税欄まで書く
• 2025年10月からポイント付与を伴う募集は禁止。2027年寄附分から特例控除額に193万円の上限が付くが、この所得帯ではまず届かない
• iDeCoは上限を少し下げ、副業の所得は上げる。住宅ローン控除は1年目の確定申告でワンストップを使えなくする

試算は説明用の仮定に基づくもので、実際の上限は源泉徴収票や住民税の決定通知書の数字で計算してください。申告の判断に迷う場合は、税理士や住所地の市区町村に確認してください。

参考資料

• e-Gov法令検索「地方税法」(昭和25年法律第226号)第37条の2、第314条の2、第314条の7、附則第5条の6、附則第7条
• 総務省 ふるさと納税ポータルサイト「税金の控除について」
• 総務省 ふるさと納税ポータルサイト「ふるさと納税トピックス一覧」
• 総務省 報道資料「ふるさと納税の指定基準の見直し等」(令和6年6月28日)
• 総務省「地方税法等の一部を改正する法律の概要」
• 総務省自治税務局市町村税課「ふるさと納税について(指定基準に係る告示改正)」(令和8年3月24日)
• 国税庁 タックスアンサー No.1155「ふるさと納税(寄附金控除)」
• 国税庁 タックスアンサー No.1191「配偶者控除」
• 国税庁 タックスアンサー No.1199「基礎控除」
• 国税庁 タックスアンサー No.1211-1「住宅の新築等をし、令和4年以降に居住の用に供した場合(住宅借入金等特別控除)」
• e-Gov法令検索「地方税法」令和8年法律第2号による改正後(令和9年1月1日施行)の第37条の2第11項・第314条の7第11項
• 国税庁 タックスアンサー No.1410「給与所得控除」
• 国税庁 タックスアンサー No.1900「給与所得者で確定申告が必要な人」
• 国税庁 タックスアンサー No.2260「所得税の税率」