毎年春になると、病院の人事・総務の担当者は36協定の更新に追われます。看護師や事務職員だけなら一般企業と同じ様式で済みますが、医師がいる病院では事情が違います。2024年4月から医師の時間外労働に上限規制がかかり、協定届の様式も医師用に分かれました。A水準・B水準・連携B水準・C水準のどれをどの医師に当てはめるか、特別条項の上限を何時間にするか、健康確保措置をどこに書くか。書き方を誤ると、協定そのものが有効に成立しないおそれがあります。
この記事は、病院の人事・医局事務の担当者に向けて、医師を含む36協定を締結し、労働基準監督署に届け出るまでの手順を、条文と厚生労働省の記載例に沿って整理したものです。根拠は労働基準法第36条・第141条、労働基準法施行規則（以下「労基則」）第6条の2・第16条・第17条・第69条の2から第70条まで、医療法第113条以下、そしてB・C水準の上限を定めた令和4年厚生労働省令第6号の条文（e-Gov法令API）です。2026年10月31日時点の内容で、個別の協定の適否を判断するものではありません。
年960時間を超えそうな医師がいるときに病院が何をすべきかは「医師の時間外が年960時間を超えたら」で扱いました。本記事は、その前提となる協定書と協定届の書き方に絞ります。
先に答え: 医師の36協定で押さえる5点
結論を先に並べます。
- 医業に従事する医師（労基則第69条の2の「特定医師」）が協定の対象に含まれる場合、届出は様式第9号の4、限度時間を超える特別条項を定める場合は様式第9号の5を使います（労基則第70条）。
- 一般条項の限度時間は医師でも月45時間・年360時間です（労基則第69条の3第5項）。
- 特別条項の上限は、A水準で年960時間、B・C水準で年1,860時間です。月は100時間未満が原則ですが、面接指導などを協定に定めれば100時間以上も協定できます（労基則第69条の4、令和4年厚生労働省令第6号第1条）。
- 医師には、一般労働者の特別条項にある「年720時間」「月45時間超は年6回まで」「複数月平均80時間以内」の規定が適用されません（労働基準法第141条第1項）。その代わりに医師用の上限と健康確保措置がかかります。
- 協定の相手方となる過半数代表者は、管理監督者でない者から、投票・挙手等で選びます（労基則第6条の2）。医師の多くが管理職扱いの病院では特に注意が必要です。
第36条と第141条の関係: 医師だけ読み替えられる
労働基準法第36条第1項は、事業場の過半数労働組合、それがなければ過半数代表者と書面で協定し、厚生労働省令で定めるところにより行政官庁に届け出た場合に、その協定の範囲で時間外・休日労働をさせることができると定めています。協定に定める事項は同条第2項に列挙されています。対象となる労働者の範囲、対象期間（1年間に限る）、時間外・休日労働をさせることができる場合、1日・1か月・1年の延長時間または休日日数、そして省令で定める事項です。
一般の労働者であれば、同条第3項・第4項で限度時間が月45時間・年360時間とされ、第5項の特別条項でも年720時間以内、月45時間を超えられるのは年6か月以内という枠がかかります。さらに第6項第2号・第3号で、実際の労働時間について月100時間未満、2〜6か月平均80時間以内が求められます。
医師については、第141条第1項がこの第36条を読み替えます。対象は「医業に従事する医師（医療提供体制の確保に必要な者として厚生労働省令で定める者に限る。）」で、労基則第69条の2がこれを、病院・診療所・介護老人保健施設・介護医療院に勤務する医師と定めています（診療を直接の目的とする業務を行わない医師を除く）。これが「特定医師」です。
読み替えの中身は3つです。
- 第36条第3項の「限度時間」に、労働者の健康と福祉を勘案して省令で定める時間が加わる
- 第36条第5項（特別条項の年720時間・年6回）を適用しない
- 第36条第6項第2号・第3号（月100時間未満・複数月平均80時間）を適用しない
その代わりに第141条第2項が医師用の特別条項を、第3項が実際の労働時間の上限を定めています。第3項に違反した者は、6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金です（同条第5項）。なお第36条第6項第1号（坑内労働など健康上特に有害な業務の1日2時間）は読み替えの対象外です。
医師の上限時間: 協定の上限と実労働の上限
医師の上限は、「協定で定められる時間の上限」と「実際に働かせてよい時間の上限」の2段で決まっています。
一般条項（限度時間）
労基則第69条の3第5項は、第141条第1項で読み替えた第36条第3項の時間を、1か月45時間・1年360時間（1年単位の変形労働時間制で3か月を超える対象期間の場合は42時間・320時間）としています。医師であっても、通常予見される時間外労働はこの範囲で協定します。
特別条項（A水準）
労基則第69条の4は、第141条第2項の省令で定める時間を、時間外・休日労働の合計で1か月100時間未満、1年960時間としています。ただし書きにより、協定に面接指導などの事項（労基則第69条の3第2項第2号から第4号）を定めた場合は、上限は1年960時間だけになり、月100時間以上の協定が可能になります。
B・連携B・C水準
都道府県知事の指定を受けた医療機関では、令和4年厚生労働省令第6号の上限が労基則に優先します。同省令第1条第1号は、特定地域医療提供機関（B水準、医療法第113条）、技能向上集中研修機関（C-1水準、同法第119条）、特定高度技能研修機関（C-2水準、同法第120条）で指定業務に従事する医師について、1か月100時間未満・1年1,860時間としています（面接指導等を協定に定めれば年1,860時間のみ）。
連携型特定地域医療提供機関（連携B水準、同法第118条）から他院へ派遣される医師については、同条第2号で、自院の協定上の上限は年960時間のままです。一方、実労働の上限を定める同省令第2条は年1,860時間としています。自院では960時間までしか協定できないが、派遣先での労働を通算した実労働は1,860時間まで認める、という構造です。
実労働の上限
第141条第3項は、協定があっても、省令で定める時間を超えて働かせてはならないとします。労基則第69条の5は、A水準について1か月100時間未満・1年960時間、ただし面接指導が行われ必要な措置が講じられた医師は1年960時間のみ、としています。B・C水準は前記の省令第2条で年1,860時間です。
ここで注意したいのは、実労働の上限は副業・兼業先の時間も通算して判断される点です。大学病院から派遣された医師が自院で年700時間働いていても、他院での当直を合わせて960時間を超えれば、A水準の上限を超えます。兼業時間の把握方法は「兼業医師の労働時間管理」で解説しています。
B・C水準を書く前に必要な都道府県の指定
協定届にB水準やC水準の行を記入できるのは、医療機関が都道府県知事の指定を受けている場合です。医療法第113条第1項は、救急医療、居宅等における医療、地域で他に提供が難しい医療のために医師をやむを得ず長時間従事させる必要がある病院・診療所を、開設者の申請により特定地域医療提供機関として指定できると定めています。連携B（第118条）、C-1（第119条）、C-2（第120条）も同じ仕組みです。
指定の申請には、対象業務に従事する医師の労働時間短縮計画の案を添えなければなりません（第113条第2項）。計画は医師その他関係者の意見を聴いて作成すること、面接指導と休息時間を確保できる体制があることなどが指定の要件です（同条第3項）。計画の作り方は「医師の労働時間短縮計画の作り方」で扱いました。
指定は医療機関単位ではなく業務単位で行われます。救急科の当直業務が指定されていても、同じ病院の健診業務は対象外です。協定届の2枚目では、指定を受けた業務とそれに従事する医師を、指定の内容どおりに書き分けることになります。
様式第9号の4と第9号の5の使い分け
労基則第16条第1項は、36協定の届出を様式第9号（特別条項がある場合は第9号の2）で所轄労働基準監督署長に行うと定めています。そのうえで第70条が、協定の対象となる労働者に特定医師が含まれている場合は様式第9号の4、第141条第2項の特別条項を定める場合は様式第9号の5によると定めています。
厚生労働省の記載例によれば、使い分けは次のとおりです。
- 医師の時間外・休日労働が限度時間（月45時間・年360時間）に収まる場合: 様式第9号の4
- 限度時間を超えて働かせる可能性がある場合: 様式第9号の5（3枚構成）
様式第9号の5は、1枚目が限度時間内の協定、2枚目が限度時間を超える特別条項、3枚目が健康福祉確保措置と協定当事者の欄です。3枚目には「A水準」用と「A水準以外」用の2種類があります。
重要なのは、医師以外の職員の扱いです。記載例は、看護師や事務職員など医師以外の者についても同じ様式を使うので、それらの者についても併せて記載するよう求めています。病院全体で1枚の協定届にまとめる場合、医師以外の職員の行には一般労働者のルール（年720時間、月45時間超は年6回まで等）がそのまま適用されます。同じ用紙の中で、行によって適用される上限が違うことを担当者が理解しておく必要があります。
2枚目（特別条項）の書き方: 水準ごとに行を分ける
厚生労働省の記載例では、2枚目の表は次の5行に分かれています。
- 医師以外の者
- A水準医療機関で勤務する医師（A水準の医師）
- B水準医療機関で対象業務に従事する医師
- 連携B水準医療機関で対象業務に従事する医師
- C水準医療機関で対象業務に従事する医師
各行に記入するのは、臨時的に限度時間を超えて働かせる必要がある場合（事由）、業務の種類、労働者数、1日・1か月・1年の延長時間、限度時間を超えた労働の割増賃金率、年の起算日です。
事由は具体的に
記載例の吹き出しは、事由について、一時的または突発的に時間外労働を行わせる必要のあるものに限り、できる限り具体的に定めるよう求めています。「業務上やむを得ないとき」のような抽象的な書き方は、恒常的な長時間労働を招くおそれがあるとして認められない、としています。医師であれば「救急患者の急変・緊急手術への対応」「病棟患者の急変への対応」のように書きます。
業務の種類は細分化
業務の範囲は細分化し、明確に定めることとされています。「医師業務」の一言で済ませず、B水準の指定を受けた業務とそうでない業務が混ざらないようにします。
時間数は水準の上限以内で、実態から逆算
延長時間は、上限いっぱいを機械的に書く必要はありません。第36条第3項は、延長時間は業務量や時間外労働の動向を考慮して通常予見される範囲内に限ると定めています（医師にも適用されます）。前年の勤怠データから科ごとの最大値を確認し、根拠のある数字を書くのが安全です。
割増賃金率
労基則第17条第1項第6号は、限度時間を超えた労働に係る割増賃金率を協定事項としています（同条第1項ただし書・第69条の3第1項の読み替えにより、特別条項を定める場合に必要）。記載例では25%と書かれていますが、吹き出しは法定の割増率（25%）を超える率となるよう努めることを求めています。なお、月60時間を超える時間外労働の割増率は労働基準法第37条第1項ただし書で別に定まっているため、賃金規程と矛盾がないかを確認してください。
3枚目（健康確保措置）の書き方
一般条項部分の事項
労基則第17条第1項は、協定の有効期間、1年の起算日、限度時間を超えて働かせる場合の手続、限度時間を超えて働かせる労働者の健康・福祉確保措置などを協定事項としています。医師の場合は第69条の3第1項でこれが読み替えられます。記載例の3枚目は、手続欄に「労働者代表者に対する事前申し入れ」のように書き、健康福祉確保措置欄で該当する番号（医師による面接指導、勤務間インターバル、深夜業の回数制限など）を選んで具体的内容を記入する形です。
月100時間以上となる医師の面接指導
労基則第69条の3第2項は、医師の特別条項で定める事項を挙げています。
- 第2号: 1か月の時間外・休日労働が100時間以上となることが見込まれる医師に、管理者が面接指導を行わせること
- 第3号: 面接指導の結果に基づき、必要な措置について面接指導を行った医師の意見を聴かせること
- 第4号: その意見を勘案し、労働時間の短縮、宿直の回数の減少その他の適切な措置を講じさせること
- 第5号: 医療法第108条第6項により、特に長時間となる医師に労働時間短縮のための措置を講じさせること
同条第4項により、月100時間以上が見込まれない場合は第2号から第4号を、特に長時間となることが見込まれない場合は第5号を、協定に定めないことができます。B・連携B・C水準の指定を受けた医療機関では、労基則第69条の3第2項に代えて令和4年厚生労働省令第6号第3条第1項が協定事項を定めており、上記と同じ面接指導・意見聴取・措置・労働時間短縮措置（第2号〜第5号）に加え、第6号で医療法第123条による休息時間の確保が加わります。厚生労働省の記載例（様式第9号の5・3枚目）では、これらがチェックボックスになっており、「1か月の時間外・休日労働が100時間に到達する前に疲労の蓄積の状況等を確認し、面接指導を行う」「1か月の時間外・休日労働が155時間を超えた場合、労働時間短縮のための具体的な措置を行う」「B・連携B・C水準の医師で年960時間を超えることが見込まれる者に勤務間インターバル等で休息時間を確保する」といった項目に印を付ける形式です。記載例の吹き出しは、医師に係るチェックボックスについて、チェックがない場合は「有効な協定届とはなりません」と注記しています（A水準の医師は一部の項目を除く）。
面接指導を実施する医師の確保や記録の残し方は「長時間労働医師の面接指導」で詳しく解説しています。
措置の記録
労基則第17条第2項は、健康・福祉確保措置の実施状況の記録を、協定の有効期間中とその満了後5年間保存するよう求めています。ただし労基則第71条の経過措置により、当分の間は「3年間」と読み替えられます。協定書に書いた措置が実施されていなければ、監督署の調査で問題になります。面接指導の結果を証明する書面には、実施年月日、面接指導を受けた医師と行った医師の氏名、睡眠・疲労の蓄積・心身の状況を記載します（労基則第69条の3第3項）。
過半数代表者の選び方
病院に職員の過半数で組織する労働組合がない場合、協定の相手方は過半数代表者です。労基則第6条の2第1項は、過半数代表者の要件を2つ定めています。
- 第41条第2号の監督または管理の地位にある者でないこと
- 協定等をする者を選出することを明らかにして実施される投票、挙手等の方法による手続で選出された者で、使用者の意向に基づき選出されたものでないこと
同条第3項は、過半数代表者であることや正当な行為をしたことを理由とする不利益取扱いをしないよう求め、第4項は事務を円滑に遂行できるよう必要な配慮を求めています。
病院でよく見る問題は3つあります。
- 院長や事務長の指名: 使用者の意向による選出にあたり、要件を満たしません。
- 医長・部長の医師を代表にする: 肩書きだけで判断はできませんが、実態として管理監督者であれば代表になれません。記載例（3枚目）も「管理監督者は労働者代表にはなれません」と注記しています。
- 「過半数」の分母の誤り: 分母は事業場の全労働者です。医師だけでなく、看護師、事務職員、パート職員も含みます。管理監督者も分母には含まれます。
記載例の3枚目には、協定の当事者である労働組合が過半数で組織されていること、または過半数代表者が管理監督者でなく投票・挙手等で選ばれた者であることを確認するチェックボックスがあり、記載例の注記はチェックがない場合は「形式上の要件に適合している協定届とはなりません」としています。選出の告知文、投票結果、信任の記録は保管しておきます。
届出と更新の実務
協定届は、事業場ごとに所轄労働基準監督署長に届け出ます（労基則第16条第1項、第70条）。分院や附属クリニックが別の事業場であれば、それぞれ協定と届出が必要です。
協定の効力は届出によって生じます。第36条第1項は、協定をし、かつ届け出た場合に時間外労働をさせることができると定めているため、届出前の時間外労働は協定に基づかないものになります。1年の起算日の前日までに届け出られるよう、逆算して準備します。
協定届を協定書として兼用することもできます。記載例の3枚目は、協定書を兼ねる場合には労働者代表の署名または記名・押印などが必要であると注記しています。兼用しない場合は、別に協定書を作成し、双方が署名したものを保管します。協定届の写しを提出しただけで協定書がない、という状態は避けてください。また、締結した協定は、労働基準法第106条第1項により、常時各作業場の見やすい場所への掲示や書面の交付などの方法で職員に周知しなければなりません。医師は病棟・外来・手術室と勤務場所が分散するため、電子カルテの端末や院内ポータルで閲覧できるようにしておくと実務上の漏れが減ります。
更新の際は、更新する旨の協定を届け出ることで新たな届出に代えることができます（労基則第16条第3項）。ただし医師の場合、指定水準の変更や対象医師数の変化があれば内容を見直すべきですし、上限規制の実績を反映させるためにも、毎年の見直しを前提にするのが現実的です。
担当者の点検手順
実務の順に並べると次のとおりです。
- 前年度の勤怠データから、医師ごとの月・年の時間外・休日労働時間（兼業先を含む）を集計する
- 年960時間を超える医師がいる業務を特定し、B・C水準の指定状況を確認する
- 様式第9号の4で足りるか、第9号の5が必要かを決める
- 2枚目を医師以外・A・B・連携B・Cの行に分け、事由と業務を具体的に書く
- 延長時間を、水準ごとの上限以内かつ実態に基づいて設定する
- 3枚目で健康確保措置、面接指導、労働時間短縮措置にチェックと具体的内容を記入する
- 過半数代表者を、管理監督者でない者から投票・挙手等で選出し、記録を残す
- 起算日前に所轄労働基準監督署長へ届け出て、協定書を職員に周知する
宿日直許可を受けている当直は、許可の範囲内であれば労働時間規制の適用除外となるため、協定の時間数の見積もりにも影響します。許可の内容と実際の当直業務がずれていないかも、あわせて点検してください。
まとめ: 様式の選択と行の分け方で8割が決まる
医師を含む36協定は、様式第9号の4か第9号の5かの選択、2枚目の水準別の行の分け方、3枚目の健康確保措置のチェックの3点を押さえれば、大きな誤りは防げます。医師以外の職員には一般のルールが、医師にはA・B・連携B・C水準の上限がかかり、同じ用紙の中で適用される規制が行ごとに異なる点が、一般企業の協定との最大の違いです。
協定の有効性は、過半数代表者の選び方ひとつで失われることがあります。手続の記録を残し、毎年の更新時に勤怠実績と照らして見直してください。個別の協定内容の判断が必要な場合は、所轄の労働基準監督署や医療勤務環境改善支援センター、社会保険労務士などの専門家に確認してください。
参考資料
- 労働基準法 第36条・第37条・第41条・第106条・第141条（e-Gov法令API）
- 労働基準法施行規則 第6条の2・第16条・第17条・第69条の2〜第69条の5・第70条・第71条（e-Gov法令API）
- 医療法 第113条・第118条・第119条・第120条・第128条（e-Gov法令API）
- 医療法第百二十八条の規定により読み替えて適用する労働基準法第百四十一条第二項の厚生労働省令で定める時間等を定める省令（令和4年厚生労働省令第6号、e-Gov法令API）
- 厚生労働省「限度時間を超える場合の36協定届の記載例（特別条項）（様式第9号の5（第70条関係））」
- 大阪労働局「時間外労働・休日労働に関する労使協定届」（医業に従事する医師用 様式第9号の4・第9号の5と記載例）