医師が転勤で住まなくなった自宅の売却期限と3000万円控除

医局人事で地方の関連病院へ移る、大学に戻る、留学から帰って別の病院に勤める。医師は数年単位で住む場所が変わる職業です。そのたびに「買った自宅をどうするか」が問題になり、空き家や賃貸のまま数年が過ぎることも珍しくありません。

ただ、マイホームを売ったときの3,000万円特別控除には期限があります。住まなくなってからの年数を数え間違えると、本来なら税金がかからなかった売却益に、数百万円から1,000万円を超える税金がかかります。

この記事では、転勤で自宅を離れた医師が「いつまでに売れば3,000万円控除が使えるか」を、転居日から期限までの時系列で整理します。あわせて、単身赴任で家族が住み続けている場合の扱い、売却益ごとの税額の試算、新居の住宅ローン控除との併用制限を、国税庁の公表資料にもとづいて説明します。制度の記述は、国税庁タックスアンサー(令和8年4月1日現在法令等)と租税特別措置法関係通達の本文を確認したうえで書いています。

期限は「住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日」

結論を先に示します。転勤で住まなくなった自宅でも、次の期限までに売れば3,000万円特別控除の対象になります。

国税庁タックスアンサーNo.3302は、対象となる資産の一つを次のように定めています。

以前に住んでいた家屋(住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日までに売る場合に限ります。なお、その家屋は、住まなくなった日以後、どのような用途に使用してもかまいません。) (国税庁 No.3302 マイホームを売ったときの特例)

ポイントは2つあります。

1つ目は、期限が「3年後の同じ日」ではなく「3年を経過する日が属する年の大みそか」であることです。たとえば2026年4月1日に転居した場合、3年を経過する日は2029年中に来ます。そのため期限は2029年12月31日です。転居が1月でも12月でも、期限はその3年後の年の12月31日になります。転居した月が早いほど、実際に使える猶予は長くなります。

2つ目は、住まなくなった後の使い方を問わないことです。空き家にしておいても、期限内であれば人に貸していても、この要件は満たします。「賃貸に出したら3,000万円控除は使えなくなる」と考える人もいますが、No.3302の記述を見る限り、期限内の売却であれば用途は問われません。

この期限は3,000万円控除だけのものではありません。所有期間10年超の軽減税率の特例(No.3305)、特定の居住用財産の買換えの特例(No.3355)も、以前に住んでいた家屋については同じ「住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日まで」という期限を置いています。期限を過ぎると、居住用財産の主な特例がまとめて使えなくなります。

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起算点の「住まなくなった日」は家族の状況で変わる

期限を数える起点は「住まなくなった日」です。転勤の形によって、この日がいつになるかが変わります。

家族と一緒に転居した場合

本人も家族も赴任先へ移り、自宅が空き家になった場合や、賃貸に出した場合は、全員が退去した日が起点です。住民票の異動日と実際の退去日がずれることがあるため、引越し業者の作業日や、鍵の引渡し記録を残しておくと説明しやすくなります。

単身赴任で家族が住み続けている場合

医師に多いのは、子どもの学校や配偶者の仕事の都合で、本人だけが関連病院の近くに部屋を借りる形です。この場合、本人がその家に住んでいなくても、家族が住む自宅は本人にとっても「居住用」と扱われる余地があります。

租税特別措置法関係通達31の3-2は、居住用家屋かどうかの判定について、次の留意点を定めています。国税庁No.3302の根拠法令欄には、この通達が列挙されています。

転勤、転地療養等の事情のため、配偶者等と離れ単身で他に起居している場合であっても、当該事情が解消したときは当該配偶者等と起居を共にすることとなると認められるときは、当該配偶者等が居住の用に供している家屋は、その者にとっても、その居住の用に供している家屋に該当する。 (租税特別措置法関係通達31の3-2(1))

つまり、単身赴任が終われば家族のもとへ戻る見込みがあるなら、家族が住んでいる間は「まだ住んでいる」ことになります。期限の起算は本人の転居日ではなく、家族も含めて住まなくなった日です。家族が残っている自宅を売るなら、急ぐ必要はありません。

ただし、同じ通達の注書きには注意点があります。この扱いによって居住用家屋を2つ以上所有することになる場合、主として住んでいると認められる1つの家屋だけが特例の対象になります。赴任先で自分名義のマンションを買って住んでいると、どちらが「主として住んでいる家屋」かが問題になります。

家族が先に退去した場合

単身赴任中に家族も自宅を出た場合、家族が退去した日から期限を数えることになると考えるのが自然です。子どもの進学で家族が赴任先へ合流した、配偶者の実家へ移ったといった場合は、その日付を記録しておきましょう。

生計を一にする親族が住んでいる場合の別ルート

通達31の3-6は、もう一つの扱いを定めています(3,000万円控除には通達35-6でこの取扱いが準用されます)。本人が以前住んでいた家屋に、住まなくなった後も引き続き生計を一にする親族が住んでいる場合で、要件をすべて満たせば、その家屋を本人の「居住の用に供している家屋」として扱えるというものです。主な要件は次のとおりです。

• 本人が以前、所有者として住んでいた家屋であること
• 本人が住まなくなった日以後、引き続き生計を一にする親族が住んでいること
• 本人が住まなくなった日以後、すでに居住用財産の特例を受けていないこと
• 本人が現在住んでいる家屋が、本人所有の家屋ではないこと

さらに、親族が住んでいるという要件を欠くに至った日から1年を経過した日以後の譲渡には、この扱いは適用されません。確定申告書には、本人の戸籍の附票の写し、親族が住んでいることを明らかにする書類、両方の家屋の登記事項証明書を添付する必要があります。

4つ目の要件について、国税庁の質疑応答事例は、本人が現在住んでいる家屋が配偶者の所有であっても差し支えないと回答しています。赴任先の家を配偶者名義で買った場合などに関係します。

単身赴任と税金の関係は、手当の課税や二重生活の費用も含めて「医師の単身赴任と税金」で整理しています。

建物を取り壊して土地だけ売る場合の追加要件

築年数が古い戸建てでは、建物を壊して更地で売るほうが買い手を見つけやすいことがあります。この場合、No.3302は次の2つの要件をすべて満たす敷地を対象にしています。

1つは、敷地の譲渡契約を家屋の取壊しから1年以内に結び、かつ住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ることです。もう1つは、取り壊してから譲渡契約を結ぶまで、その敷地を貸駐車場などに使っていないことです。

建物があるうちは用途自由でしたが、更地にした後は使い道が制限されます。取壊しのタイミングは、売却の見通しが立ってから決めるほうが安全です。

売却益別の税額はどう変わるか

期限に間に合うかどうかで、税額がどれだけ変わるかを試算します。

試算の前提

土地や建物の譲渡所得は、給与所得と分けて税額を計算する分離課税です(No.3202)。税率は、売った年の1月1日時点の所有期間で決まります。

• 長期譲渡所得(所有期間5年超): 所得税15%、住民税5%(No.3208)
• 短期譲渡所得(所有期間5年以下): 所得税30%、住民税9%(No.3211)

所得税には、令和29年分までは所得税額の2.1%の復興特別所得税が加わります。したがって長期の場合の合計税率は20.315%、短期の場合は39.63%です。

以下の試算は、譲渡益(売った金額から取得費と譲渡費用を引いた金額)を2,000万円、3,000万円、5,000万円、8,000万円の4通りと置いた計算値です。実際の取引の数字ではありません。他の特例や損益の通算は考えず、3,000万円控除は譲渡益の範囲で控除するものとしています。

所有期間5年超・10年以下の場合

譲渡益5,000万円の内訳を示すと、控除なしでは所得税750万円、復興特別所得税15万7,500円、住民税250万円で合計1,015万7,500円です。控除ありでは課税される金額が2,000万円になり、所得税300万円、復興特別所得税6万3,000円、住民税100万円で合計406万3,000円です。

譲渡益が3,000万円以上なら、期限に間に合うかどうかで約609万円の差が出ます。これは3,000万円に合計税率20.315%を掛けた額です。

所有期間5年以下の場合

研修後に購入して数年で異動になった場合は、短期譲渡所得になることがあります。この場合の差はさらに大きくなります。譲渡益5,000万円で控除がなければ、所得税1,500万円、復興特別所得税31万5,000円、住民税450万円で合計1,981万5,000円です。控除があれば課税される金額は2,000万円で、合計792万6,000円です。差は1,188万9,000円になります。

3,000万円控除は所有期間の長短を問いません(No.3302)。短期で売る場合ほど、期限を守る意味は大きくなります。

所有期間10年超なら軽減税率も重ねられる

売った年の1月1日時点で土地・建物の所有期間がともに10年を超えていれば、軽減税率の特例が使えます。No.3305は、3,000万円の特別控除と軽減税率の特例は重ねて受けられると明記しています。所得税の税率は、控除後の課税長期譲渡所得金額のうち6,000万円以下の部分が10%、6,000万円を超える部分が15%です。

譲渡益5,000万円で両方を使うと、課税される金額2,000万円に対して所得税200万円、復興特別所得税4万2,000円です。通常の長期税率(所得税300万円、復興特別所得税6万3,000円)より102万1,000円少なくなります。住民税にも軽減税率の扱いがありますが、今回確認した国税庁資料には記載がないため、この試算には含めていません。

注意したいのは、10年の判定が「売った年の1月1日」で行われることです。2016年4月に買った家なら、2026年1月1日時点では10年未満、2027年1月1日時点で10年超になります。転居から期限までの間に10年を超えるなら、売る年を1年ずらすだけで税率が下がることがあります。期限内で売る年を選べる人は、所有期間も合わせて確認してください。

譲渡益の計算で見落としやすい取得費と譲渡費用

税額の出発点になる譲渡益は「売った金額 − (取得費 + 譲渡費用)」です(No.3202)。

取得費は建物の減価償却を差し引く

取得費は、購入代金や購入手数料に、その後の改良費や設備費を加えた金額です。ただし建物については、所有期間中の減価償却費相当額を差し引きます。自宅のように事業に使っていなかった建物の場合、No.3261は「建物の取得価額×0.9×償却率×経過年数」で減価償却費相当額を求めるとしています。償却率は、建物の耐用年数の1.5倍の年数に対応する旧定額法の償却率です。

転勤中に賃貸に出していた期間がある場合は、その期間の建物は事業や業務に使われていたことになり、計算が変わる可能性があります。賃貸期間がある人は、不動産所得の申告で計上した減価償却費の記録を手元に置いておきましょう。

取得費が分からない場合や、実際の取得費が売った金額の5%より少ない場合は、売った金額の5%を取得費にできます(概算取得費)。購入時の売買契約書や仲介手数料の領収書を失くすと、この5%で計算せざるを得ず、譲渡益が大きくなります。異動のたびに書類が散逸しやすい医師こそ、購入時の書類をまとめて保管しておくべきです。

譲渡費用に入るもの

譲渡費用は、売るために直接かかった費用です。No.3202は、仲介手数料、測量費、売買契約書の印紙代、借家人に払った立退料、建物を取り壊して土地を売るときの取壊し費用などを挙げています。賃貸中の自宅を売るために入居者に退去してもらった場合の立退料も、ここに含まれます。

新居の住宅ローン控除とは原則どちらか一方

転勤先や異動先で新しい家を住宅ローンで買う医師にとって、最も注意が必要なのが住宅ローン控除(住宅借入金等特別控除)との関係です。No.3302には次の記述があります。

住宅借入金等特別控除または認定住宅新築等特別税額控除については、入居した年、その前年または前々年に、このマイホームを売ったときの特例の適用を受けた場合には、その適用を受けることはできません。 (国税庁 No.3302 マイホームを売ったときの特例)

さらに、新居に入居した年の翌年から3年目までのいずれかの年に、住宅ローン控除の対象となる資産以外の資産を売って3,000万円控除を受ける場合も、住宅ローン控除は受けられないとしています。軽減税率の特例についても、No.3305に同じ趣旨の制限があります。

つまり、旧宅の売却で3,000万円控除を使う年と新居への入居年が近いと、新居の住宅ローン控除が使えなくなります。整理すると、新居の入居年の前々年から入居年の3年後までの間に旧宅の売却で特例を使う年が入ると、どちらか一方を選ぶことになります。

どちらを選ぶかの考え方

選び方の基本は、両者の金額を比べることです。3,000万円控除による減税額は、上の試算のように譲渡益と所有期間で決まります。住宅ローン控除による減税額は、借入額、年末残高、住宅の種類、居住年によって決まります。旧宅の譲渡益が小さければ住宅ローン控除を優先し、譲渡益が大きければ3,000万円控除を優先する、というのが一般的な整理です。

譲渡益が出ない、つまり売却損が出る場合は、そもそも3,000万円控除を使う必要がありません。この場合は住宅ローン控除の制限も受けません。

なお、家屋と敷地の所有者が異なる場合の質疑応答事例では、夫所有の家屋に譲渡益がなく、妻所有の敷地の譲渡益から3,000万円を控除したケースについて、夫は特例の適用を受けていないため、新居で住宅ローン控除を受けられると回答しています。共有や名義の分け方で結論が変わることがある、という例です。

住宅ローン控除の要件や控除額は「医師の住宅ローン控除」で詳しく解説しています。

旧宅の住宅ローン控除は転勤でどうなるか

まだ売っていない旧宅で住宅ローン控除を受けている場合、転勤で控除が止まるかどうかも確認が必要です。No.1234によれば、転勤などのやむを得ない事情で本人だけが離れて暮らし、家族がその家に住み続けていて、事情が解消すれば本人も一緒に住むと認められる場合は、本人が引き続き住んでいるものとして控除を受けられます。

家族とともに転居した場合は、住まなくなった年以降は控除を受けられません。ただし、勤務先からの転任命令などのやむを得ない事由があり、住まなくなる日までに「転任の命令等により居住しないこととなる旨の届出書」を税務署に出すなどの手続をしていれば、再びその家に住んだ年以後、残りの控除期間について再適用を受けられます(その年に賃貸していた場合は翌年以後)。

戻る可能性があるなら、届出を出しておけば選択肢を残せます。戻らずに売ると決めたなら、3,000万円控除の期限を優先して考えることになります。

期限内に売れそうにないときの考え方

医局の人事は数年先まで読めないことがあります。「いつか戻るかもしれない」と自宅を残しているうちに、期限が近づくケースは少なくありません。

まず、期限は売買の時期で判断されます。買い手探しから引渡しまでには数か月かかることがあるため、期限の年の後半に動き出すと間に合わない可能性があります。編集部としては、期限の年の前年には売却するかどうかを決め、引渡しまでを期限内に終える前提で日程を組むことをすすめます。契約日と引渡し日のどちらで判断するかなど、期限ぎりぎりになる場合の扱いは、事前に税務署や税理士に確認してください。

次に、期限を過ぎてから戻って住み直すという考え方です。通達31の3-2(2)は、特例の適用を受けるためだけの目的で入居したと認められる家屋や、一時的な目的で入居した家屋は居住用家屋に当たらないとしています。売却直前に形だけ住民票を戻しても、生活の拠点として使っていなければ対象になりません。

最後に、期限を過ぎても売らずに持ち続け、賃貸用の不動産として運用する選択もあります。この場合は居住用財産の特例から外れ、不動産投資として収支を考えることになります。医師が不動産投資で陥りやすい落とし穴は「医師の不動産投資の失敗例」でまとめています。

3,000万円控除が使えない主なケース

期限を守っても、次の場合は特例を受けられません(No.3302)。

親子や夫婦など「特別の関係がある人」に売った場合は対象外です。生計を一にする親族、売った後にその家で同居する親族、内縁関係にある人、特殊な関係のある法人も含まれます。転勤で空いた自宅を親族や自分が関わる医療法人に買い取ってもらう場合は、この点に注意が必要です。

売った年の前年や前々年に、すでにこの特例やマイホームの譲渡損失の損益通算などの特例を受けている場合も使えません。転勤のたびに家を買い替えている人は、前回の売却で特例を使った年を確認してください。売った年、前年、前々年に買換えや交換の特例を受けている場合も同様です。

別荘のように主として趣味、娯楽、保養のために持つ家屋も対象外です。赴任先との往復の拠点として使っていた家でも、生活の拠点かどうかは日常生活の状況などを総合的に見て判断されます。

確定申告で必要になる書類

3,000万円控除は、売った年の翌年に確定申告をしなければ受けられません。勤務医で年末調整だけの人も、この年は申告が必要です。

添付書類の基本は「譲渡所得の内訳書(確定申告書付表兼計算明細書)[土地・建物用]」です。転勤した医師にとって重要なのは次の点です。No.3302は、売買契約日の前日に住民票の住所と売った家の所在地が異なる場合などには、戸籍の附票の写しなど、その家に住んでいたことを明らかにする書類を併せて提出するよう求めています。

転勤で住民票を赴任先へ移していれば、ほぼこのケースに当たります。戸籍の附票は本籍地の市区町村で取得するため、遠方の本籍地なら郵送請求の時間も見込んでおきましょう。軽減税率の特例を受ける場合は、売った家屋と敷地の登記事項証明書も必要です(不動産番号の記載などで省略できる場合があります)。

まとめ: まず転居日と期限の年を書き出す

転勤で住まなくなった自宅でも、住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日までに売れば、3,000万円特別控除の対象になります。期限内なら空き家でも賃貸でもかまいません。単身赴任で家族が住み続けているなら、起算点は本人の転居日ではなく、家族も含めて住まなくなった日です。

期限を逃したときの税負担は、所有5年超で譲渡益3,000万円以上なら約609万円、所有5年以下なら約1,189万円増えます(上記の前提による計算値)。一方で、新居の住宅ローン控除とは原則どちらか一方の選択になるため、旧宅を売る年と新居に入居する年の関係を先に確認しておく必要があります。

最初にやることは、自分や家族が住まなくなった日を確定し、期限の年を手帳に書くことです。そのうえで所有期間10年の境目、新居の入居予定年、購入時の書類の有無を確認してください。地方への異動そのものを迷っている段階なら、「医師が地方へ転職するデメリット」もあわせて読むと、住まいの判断材料が増えます。

この記事は制度の一般的な仕組みの説明であり、個別の取引についての税務判断ではありません。実際に売却する際は、所轄の税務署や税理士に、ご自身の事実関係を前提に確認してください。

参考資料

• 国税庁 タックスアンサー No.3302 マイホームを売ったときの特例
• 国税庁 タックスアンサー No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例
• 国税庁 タックスアンサー No.3355 特定のマイホームを買い換えたときの特例
• 国税庁 タックスアンサー No.3202 譲渡所得の計算のしかた(分離課税)
• 国税庁 タックスアンサー No.3208 長期譲渡所得の税額の計算 / No.3211 短期譲渡所得の税額の計算
• 国税庁 タックスアンサー No.3261 建物の取得費の計算
• 国税庁 タックスアンサー No.1234 転勤と住宅借入金等特別控除等
• 国税庁 租税特別措置法関係通達 31の3-2、31の3-6
• 国税庁 質疑応答事例「生計を一にする親族の居住の用に供していた家屋を譲渡した場合の租税特別措置法関係通達31の3-6(4)の取扱い」「家屋と土地の所有者が異なる場合で家屋について譲渡益が算出されないときの居住用財産の譲渡所得の特別控除と住宅借入金等特別控除の関係」

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