東京の病院から地方の病院へ移る話が出たとき、「移住すると100万円もらえるらしい」「あの市は医師に奨励金を出している」という話が耳に入ることがあります。ただ、国の移住支援金、自治体の医師確保奨励金、病院が払う赴任手当は、出どころも要件も税金の扱いもまったく別の制度です。一つの「移住のお金」として考えると、受け取れないものを当てにしたり、数年後に返還を求められたりします。この記事では、地方の病院に移るときに受け取れるお金を3つの財布に分け、それぞれの要件、返還条件、課税の扱いを一次資料にもとづいて整理します。資料はいずれも2026年10月21日に確認した内容です。
先に答え: お金の出どころは3つ。要件も返還も税金も別々
地方の病院に移る医師が受け取る可能性があるお金は、次の3つに分かれます。
1つめは、国の制度を市町村が支給する「移住支援金」です。東京23区に住んでいた人、または東京圏から23区に通勤していた人が地方へ移住し、就業などをした場合に支給されます。医師専用の制度ではなく、職種を問わない一般の制度です。
2つめは、市町村や都道府県が独自に設ける「医師確保の奨励金・補助金・研修資金」です。医師であること、その地域の医療機関に一定期間勤務することが条件で、金額も期間も自治体ごとにばらばらです。
3つめは、勤務先の病院が払う「赴任手当・支度金・転居費用」です。これは雇用契約の一部で、自治体の制度ではありません。
この3つは同時に受け取れる場合もありますが、併給を制限する自治体もあります。返還の起点になるのは、移住支援金なら「転出」と「離職」、医師確保の奨励金なら「勤務の継続」、赴任手当なら「病院との約束」です。税金も、移住支援金は国税庁の文書回答で一時所得とされている一方、病院が払う手当は原則として給与です。
なお、医学生のときに借りた地域枠の修学資金は、ここで扱う制度とは別物です。義務年限の途中で離脱した場合の返還は地域枠を離脱したときの違約金と返還額で整理しています。地方勤務そのものの得失は医師が地方へ転職するデメリットの検証をご覧ください。
国の移住支援金: 医師も対象になるが、条件は「どこから」「どこへ」「どう働くか」
制度の骨格
移住支援金は、内閣府・内閣官房の地方創生移住支援事業にもとづく制度です。国が都道府県に交付金を出し（補助率1/2）、移住者には市町村から支援金が支給されます（内閣官房地域未来戦略本部事務局・内閣府地方創生推進事務局「地方創生移住支援事業について」令和8年1月）。
同資料によると、支給額は世帯で最大100万円、単身で最大60万円です。18歳未満の子どもを帯同して移住する場合は、子ども1人あたり最大100万円が加算されます。「最大」とあるとおり、実際の金額は移住先の自治体が決めます。
3つの要件
対象者の要件は、大きく次の3点です（同資料および高知県「地方創生移住支援事業（移住支援金）について」）。
まず移住元です。移住前の10年間で通算5年以上、かつ直近1年以上、東京23区内に住んでいたこと、または東京圏（条件不利地域を除く）から23区へ通勤していたことが必要です。23区外の多摩地域や神奈川県に住み、そこの病院に勤めていた医師は、この要件を満たしません。23区内の大学病院に埼玉や千葉から通勤していた場合は、通勤要件で対象になりえます。
次に移住先です。東京圏の外、または東京圏のうち条件不利地域の市町村で、しかも移住支援事業を実施している市町村である必要があります。令和7年度の実施は44道府県1,318市町村です（同内閣官房資料、令和7年度第1回申請時点）。全市町村が実施しているわけではありません。
最後に就業の形です。基本形は、都道府県のマッチングサイトに掲載された対象求人に就業することです。高知県の案内では、週20時間以上の無期雇用契約であること、求人への応募日がその求人の対象掲載日以降であること、申請日から5年以上続けて勤務する意思があること、転勤・出向・研修などによる勤務地の変更ではなく新規の雇用であることが条件とされています。ほかに、テレワークで移住前の業務を続ける形、起業する形、専門人材として就業する形などがありますが、テレワーク型を採用するかは自治体の任意です（同内閣官房資料の注記）。
医師にとって最大の論点は、この就業要件です。移住先の病院の求人が、都道府県のマッチングサイトに対象求人として載っているかどうかで、受給できるかが決まります。医局人事や知人の紹介で病院に入職し、求人サイトを経由していない場合、要件を満たさないことがあります。掲載より前に応募していた場合も対象外です。応募する前に、マッチングサイトでその病院の求人が対象になっているかを確認してください。
申請の期限
高知県の案内では、申請は転入後1年以内で、移住先に5年以上住む意思があることが条件です。期限は自治体ごとに定めがあるので、移住先の市町村の要綱を見てください。着任直後は業務の立ち上げで手続きが後回しになりがちですが、1年を過ぎると申請できなくなります。
制度の利用実績
移住支援金の利用は年々増えています。内閣官房資料によると、申請件数は令和元年度71件から令和6年度3,623件に、移住者数は123人から7,826人になりました。令和6年度は子育て加算の支給が2,064人でした。
移住支援金の返還: 「転出3年未満は全額、5年以内は半額」と「1年以内の離職」
返還の条件は、移住先を決める段階で知っておくべきです。高知県の案内では、次の場合に返還を求められます。
- 申請日から3年未満に移住先の市町村から転出した場合は全額
- 申請日から1年以内に、移住支援金の要件を満たす職を辞した場合は全額
- 申請日から3年以上5年以内に転出した場合は半額
- 虚偽の申請をした場合は全額
雇用先の倒産、災害、病気など、やむを得ない事情があると県と市町村が認めた場合は、返還の対象外です。
医師の場合、注意が必要なのは医局人事による異動です。移住支援金は「市町村」単位で判定されます。同じ県内でも、別の市にある関連病院へ3年以内に異動して住所を移せば、全額返還の対象になりえます。医局からの派遣で地方に出る場合、数年での異動があらかじめ見込まれるなら、受け取らないほうがよいこともあります。転居を伴う異動の可能性を、事前に医局や病院に確認しておきましょう。
自治体独自の医師確保奨励金: 3つの実例
国の移住支援金とは別に、医師不足に悩む市町村や都道府県は、医師に限った奨励金や研修資金を用意しています。以下は2026年10月21日時点で各自治体の公式ページに掲載されていた内容です。年度ごとに改定されるため、実際に利用する前に最新の要綱を確認してください。ここで紹介する3つは一例で、全国の自治体がこうした制度を持っているわけではありません。
実例1: 福島県喜多方市「常勤医師応援事業補助金」
喜多方市は、市内の医療機関に常勤医師として勤務する医師に、1人1回限りで100万円を交付しています。要件は、5年以上継続して勤務する意思があること、勤務開始時に50歳以下であること、令和6年4月1日以降に勤務を開始し1年が経過していること、市内に住所があることなどです。申請できるのは、要件をすべて満たした日から1年以内です。交付要件を欠いた場合は、補助金の一部返還を求めることがあるとされています（喜多方市保健課ページ、2026年4月3日更新）。
着任から1年たってから申請する仕組みなので、着任時にすぐ受け取れるお金ではありません。また、他の重複する補助金を受けていないことも要件に含まれています。
実例2: 茨城県神栖市の医師向け支援制度
神栖市は、医師向けに複数の制度を設けています（神栖市地域医療推進課。市の公式ページ「神栖市若手医師きらっせプロジェクト」から案内されている市のポータルサイト「神栖医住」に掲載）。
地域赴任医師支援金は、免許取得後10年以内で初期研修を修了し、市内の医療機関に1年以上勤務した医師に、年50万円を支給するものです。医師Uターン推進事業は、対象地域に3年以上の住所歴がある医師が市内の医療機関に常勤で勤務するか診療所を開業した場合に、計500万円を支給するものです。ポータルサイト内に「3年で計500万円」と「毎年100万円（5年で計500万円）」の両方の記載があるため、支給の年数と配分は市の要綱で確認してください。さらに、市内で新規に診療所を開業する医師には上限2,000万円の開業資金貸与制度があり、医業開始から10年たつと返還が全額免除されます。
神栖市の例は、一時金ではなく「毎年支給」「長期勤務で返還免除」の形をとっている点で、喜多方市と設計が異なります。
実例3: 福島県「自治体等病院特定診療科医師確保研修資金」
都道府県の例として、福島県は臨床研修または後期研修を受けている医師に研修資金を貸与しています（福島県ホームページ）。貸与額は月20万円、期間は最大3年間です。研修修了後、直ちに県内の対象医療機関で産科、小児科、麻酔科、救急科、総合診療科の医師として勤務し、勤務期間が貸与を受けた期間（1年未満の場合は1年）に達すると、返還が免除されます。
これは「給付」ではなく「貸与」です。条件を満たさなければ、借りた総額に利息を加えて返すことになり、申請には保証人2名が必要です。診療科を変えたり、県外に出たりする可能性があるなら、借りる前によく考える必要があります。
病院独自の赴任手当・支度金: 雇用契約の一部として考える
3つめの財布は、病院が払う赴任手当、支度金、引越し費用です。公的な制度ではないため、金額も条件も病院との交渉で決まります。
確認すべきは、返還条項があるかどうかです。「入職後○年以内に退職したら支度金を返す」という約束が雇用契約書や別の合意書に書かれていることがあります。口頭で「赴任手当を出します」と言われただけでは、後でもめたときの根拠になりません。金額、支給時期、返還条件の有無を書面で受け取ってください。
住宅については、借り上げ社宅や住宅手当として提供されることも多く、課税の扱いが制度によって変わります。詳しくは医師の借り上げ社宅と住宅手当の税金で整理しています。家族を残して単身で赴任する場合の二重生活費と税金は、医師の単身赴任と税金が参考になります。
受け取ったお金の税金: 一時所得・給与・非課税の3つに分かれる
移住支援金は一時所得
移住支援金の課税関係は、国税庁の文書回答事例で示されています。内閣府地方創生推進事務局長の照会に対し、国税庁課税部審理室は平成31年4月10日、照会者の見解のとおりで差し支えないと回答しました。その見解は、移住支援金は営利を目的とする継続的行為から生じたものではなく、労務その他の役務または資産の譲渡の対価としての性質も認められず、一時に支給されるものであるから、一時所得に該当するというものです（国税庁「地方公共団体の地方創生起業支援事業及び地方創生移住支援事業に基づき支給される各支援金の課税関係について」）。
一時所得の金額は「総収入金額 − 収入を得るために支出した金額 − 特別控除額（最高50万円）」で計算し、その2分の1を給与所得などと合算します（国税庁タックスアンサーNo.1490）。
計算例を示します。ほかに一時所得がなく、支出した金額をゼロとすると、世帯で100万円を受け取った場合、一時所得の金額は100万円 − 50万円 = 50万円で、総所得金額に加わるのはその2分の1の25万円です。子ども1人の加算を含めて200万円を受け取った場合は、(200万円 − 50万円) × 1/2 = 75万円が加わります。給与所得の高い勤務医では、この部分に高い税率がかかるので、支援金の全額が手元に残るとは考えないほうがよいでしょう。勤務医であっても、一時所得が生じれば確定申告が必要になる場合があります。
自治体の医師確保奨励金は個別に確認する
自治体独自の医師向け奨励金について、国税庁が移住支援金のように個別の回答を公表している例は、今回の調査では見つかりませんでした。一時金で支給される喜多方市型と、毎年支給される神栖市型では、所得区分の判断が変わる可能性があります。支給元の自治体に、支払調書の発行や所得区分の扱いを確認し、確定申告で迷う場合は税務署に相談してください。福島県の研修資金については、県のページに、返還免除のときに免除額の一部が所得とみなされ課税される場合があると書かれています。
病院が払う赴任手当は原則として給与、転居の実費は非課税になりうる
病院が払う赴任手当や支度金は、雇用関係にもとづく支払いなので、原則として給与所得として源泉徴収の対象になります。一方、所得税法第9条第1項第4号は、給与所得を有する者が「転任に伴う転居のための旅行」をした場合や、就職に伴う転居のための旅行をした場合に、その旅行に必要な支出に充てるため支給される金品で「その旅行について通常必要であると認められるもの」を非課税としています（e-Gov法令検索、所得税法）。国税庁タックスアンサーNo.2508も、転勤や出張などのための旅費のうち通常必要と認められるものは非課税としています。
つまり、引越し代や移動の交通費の実費に見合う支払いは非課税になりえますが、それを超える定額の支度金は給与として課税されると考えられます。名目が「赴任手当」でも、実費精算か定額支給かで扱いが変わります。
ケースで考える: 3つの財布はどう重なるか
制度の要件を、よくある3つの状況に当てはめてみます。いずれも上で紹介した公表資料の要件だけで判定したもので、実際の可否は移住先の自治体の要綱で決まります。
ケースA: 23区に住み、都内の病院に勤める医師が、家族と地方の民間病院へ移る
移住元の要件は、23区内の居住期間が通算5年以上かつ直近1年以上あれば満たします。移住先の市町村が事業を実施し、転職先の病院の求人が都道府県のマッチングサイトに対象求人として掲載されていれば、世帯分と子どもの加算の対象になりえます。このケースで一番多い失敗は、求人サイトや紹介会社経由で内定をもらった後に、マッチングサイトの掲載がないと気づくことです。内定前に病院の事務部門へ「移住支援金の対象求人として掲載しているか」と聞いておくと確実です。
ケースB: 横浜市に住み、横浜市内の病院に勤める医師が地方へ移る
23区への通勤実績がなければ、移住元の要件を満たしません。国の移住支援金は受け取れないと考えたほうがよいでしょう。この場合に頼りになるのは、移住先の自治体が独自に設けている医師向けの奨励金と、病院の赴任手当です。喜多方市の補助金のように、移住元を問わず、市内で常勤として勤務し市内に住所を持つことを条件にしている制度もあります。
ケースC: 医局人事で、2年間の予定で県内の関連病院に出る
まず、高知県の案内は転勤・出向・研修などによる勤務地の変更を対象外としており、医局からの派遣が新規の雇用として扱われるかは自治体の判断になります。そのうえで、派遣の期間が3年未満と決まっている場合、移住支援金を受け取ると、医局に戻るために転出した時点で全額返還の対象になりえます。勤務年数を要件とする自治体の奨励金も、5年以上の継続勤務の意思を求める喜多方市のような制度とは相性がよくありません。このケースでは、病院が実費で支払う転居費用のほうが、確実に受け取れるお金になります。
併給と家族の論点
移住支援金と自治体の医師向け奨励金は、制度の出どころが違うため、両方の要件を満たせば両方を受け取れる場合があります。ただし、喜多方市の補助金は、他の重複する補助金を受けていないことを要件にしています。何が「重複する補助金」にあたるかは要綱の定めによるので、両方を申請する前に市の担当課に確認してください。
子どもの加算については、内閣官房の資料で18歳未満の子どもを帯同して移住することが条件とされています。配偶者や子どもが遅れて移住する場合、申請の時点で世帯として移住していると扱われるかは自治体の判断になります。家族の転居を学期の区切りに合わせたいときは、申請期限との関係を先に確かめておきましょう。
申請前に確認すること
3つの財布それぞれで、受け取る前に確認することをまとめます。
移住支援金については、移住元の要件を満たすかを住民票の履歴で確認します。23区に住んでいた期間と、23区への通勤期間を足して判断する場合は、勤務先の在籍証明が必要になることがあります。そのうえで、移住先の市町村が事業を実施しているか、移住先の病院の求人がマッチングサイトの対象求人として載っているかを、応募の前に確かめます。
自治体の奨励金については、勤務年数の要件、申請できる時期、他の補助金との併給制限、返還の条件を要綱で確認します。年齢要件がある制度もあります。
病院の赴任手当については、金額と返還条件を書面でもらいます。医局人事で数年後に異動する可能性があるなら、それが移住支援金や奨励金の返還につながらないか、事前に確かめておきます。
最後に、支援金がもらえることを転職先選びの決め手にしないことです。移住支援金の100万円は大きな額ですが、税金を引くと手取りは減りますし、3年以内に異動すれば全額返すことになります。年収、勤務条件、医局との関係、家族の生活を比べたうえで、最後に上乗せされるお金として考えるのが現実的です。
よくある疑問
公立病院に移る場合も移住支援金の対象になるのか
対象外になる可能性が高いと考えてください。高知県の実施要領（令和8年4月1日施行）は、マッチングサイトに載せる法人の要件として「官公庁等」でないことを挙げています。国税庁の文書回答の照会でも、対象の就業先から官公庁、独立行政法人、国や地方公共団体が設立・出資するものなどが除かれていると説明されています。自治体直営の病院や地方独立行政法人の病院を考えている場合は、県の担当窓口に対象になりうるかを直接確認してください。
移住支援金を受け取った後に病院を変えたら返すのか
高知県の案内では、就業後1年以内の離職は全額返還の対象です。1年を過ぎた後の転職でも、移住先の市町村から転出すれば、申請日からの年数に応じて全額または半額の返還対象になります。同じ市町村内の別の病院に移り、住所を変えない場合の扱いは、要綱で確認してください。
地域枠の義務年限中でも受け取れるのか
地域枠の修学資金と移住支援金は別の制度で、一方が他方を排除する規定は今回確認した資料にはありませんでした。ただし、義務年限中は勤務先を県が指定することが多く、マッチングサイト経由の就業という要件と合わない可能性があります。
まとめ: 3つの財布を分け、返還条件から逆算する
地方の病院に移るときに受け取れるお金は、国の移住支援金、自治体の医師確保奨励金、病院の赴任手当の3つです。移住支援金は東京23区からの移住と、マッチングサイトの対象求人への就業が条件で、3年未満の転出か1年以内の離職で全額返還になります。自治体の奨励金は地域ごとに中身が違い、勤務年数の要件が中心です。病院の手当は契約の問題で、返還条項は書面で確認します。税金は、移住支援金が一時所得、病院の手当が原則として給与、転居の実費は非課税になりえます。
まず、移住先の候補地の市町村名と「移住支援金」「医師 奨励金」で、その自治体の要綱を探してください。そのうえで、何年その地域にいるつもりかを考え、返還条件から逆算して受け取るかどうかを決めるのが確実です。
参考資料
- 内閣官房地域未来戦略本部事務局・内閣府地方創生推進事務局「地方創生移住支援事業について」（令和8年1月）
- 高知県「地方創生移住支援事業（移住支援金）について」
- 国税庁 文書回答事例「地方公共団体の地方創生起業支援事業及び地方創生移住支援事業に基づき支給される各支援金の課税関係について」（平成31年4月10日回答）
- 国税庁 タックスアンサーNo.1490「一時所得」
- 国税庁 タックスアンサーNo.2508「給与所得となるもの」
- 所得税法（昭和40年法律第33号）第9条第1項第4号（e-Gov法令検索）
- 喜多方市「喜多方市常勤医師応援事業補助金のお知らせ」
- 神栖市「神栖市若手医師きらっせプロジェクト」（市公式ページ）、同ポータルサイト「神栖医住」医師向け就業支援
- 高知県「高知県地方創生移住支援事業等実施要領」（令和8年4月1日施行）
- 福島県「自治体等病院特定診療科医師確保研修資金」