医員を1年契約で更新し続けている大学病院、専攻医や常勤医師を有期で雇っている市中病院では、「この先生はいつ無期転換の申込権を持つのか」を人事が個人単位で答えられない状態がよく見られます。原則の5年なのか、大学の研究者・教員向けの10年特例なのか。判定を誤ると、申込権の発生時期も、労働条件通知書に書くべき事項も、雇止めの説明も、すべてずれます。
この記事は、病院・大学の人事担当者に向けて、有期雇用の医師を類型に分け、5年と10年のどちらのルールになるかを判定し、申込権が発生する前後に何を明示・説明すべきかを、条文の順に整理したものです。根拠は労働契約法・労働基準法・同施行規則・科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律・大学の教員等の任期に関する法律の条文（e-Gov法令API）、厚生労働省・文部科学省のリーフレットと通知です。2026年10月16日時点の内容で、個別の契約の適否を判断するものではありません。
医師個人の立場から非常勤契約の解除や更新を考える視点は「医師の非常勤契約の解除」で扱いました。本記事は雇う側の規程と運用に絞ります。
先に答え: 医員・専攻医は原則5年、10年特例は「根拠条文を個人ごとに」
有期雇用の医師の無期転換は、原則として労働契約法第18条の5年ルールで判定します。10年特例は、大学等や研究開発法人の研究者等（科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第15条の2）か、任期法に基づく任期つきの大学教員等（大学の教員等の任期に関する法律第7条）に限って働く例外です。
したがって、大学病院の医員だから10年、とはなりません。任期法の「教員」は同法第2条第2号で「大学の教授、准教授、助教、講師及び助手」と定義されており、医員という職名はここにありません。科技法の特例は「研究者等」であることが要件で、研究者等は同法第2条で「科学技術に関する研究者及び技術者（研究開発の補助を行う人材を含む。）」と定義されています。診療を主な業務とする医員がこれに当たるかは、職名ではなく業務の実態で判断することになります。
文部科学省と厚生労働省の連名リーフレットも、「大学等と有期労働契約を締結した教員等であることをもって一律に特例の対象者となるものではない」と注意しています。医員や専攻医を一律に特例対象と扱う運用は、この注意に正面から反します。今回確認した国の資料の範囲では、医員を名指しで特例の対象とも対象外とも定めた記述は見当たりませんでした。だからこそ、病院側が個人ごとに根拠を記録しておく必要があります。
市中病院（大学等にも研究開発法人にも当たらない病院）が雇う医師は、原則として10年特例の対象になりません。科技法第15条の2第1項第1号・第2号は「研究開発法人又は大学等を設置する者」との有期労働契約を対象にしているからです。例外は第3号・第4号で、大学等や研究開発法人などと協定等により共同で行う研究開発等の業務に専ら従事する者という狭い類型です。
原則の5年ルール: 労働契約法18条を条文どおりに読む
労働契約法第18条第1項は、同一の使用者との間の2以上の有期労働契約の契約期間を通算した期間（通算契約期間）が「五年を超える労働者」が、現在の契約の満了日までに無期労働契約の締結を申し込んだとき、使用者は「当該申込みを承諾したものとみなす」と定めています。
人事実務で押さえるべき点は3つです。
第一に、使用者には拒否の余地がありません。申込みがあれば承諾が擬制され、現在の有期契約の満了日の翌日から無期労働契約が始まります。文部科学省の令和7年12月26日付通知（7文科科第635号）も、申込権が発生した研究者・教員等から申込みがあった場合、機関は拒否できないと明記しています。
第二に、転換後の労働条件は、別段の定めがない限り、契約期間を除いて現在の有期契約と同一です。無期になったから正職員と同じ給与表に乗る、という仕組みではありません。ここを曖昧にしておくと、申込みの後で待遇をめぐる争いになります。
第三に、通算の起点です。厚生労働省・文部科学省のリーフレットは、通算契約期間は改正労働契約法の施行日である平成25年4月1日以降に開始した有期労働契約から算定すると説明しています。
1年契約なら「5回目の更新」で申込権が生じる
1年契約を更新していく場合、通算5年を超えるのは6本目の契約、つまり5回目の更新で締結した契約の期間中です。その契約期間中に申込権が発生し、申し込めばその契約の満了日の翌日から無期になります。3年契約なら、1回目の更新で通算6年となる契約に入った時点で申込権が生じます。
なお、医師は労働基準法第14条第1項第1号の「高度の専門的知識等」を有する労働者の典型として、厚生労働省のリーフレットで例示されています（医師という資格が基準の一つ）。この類型は1回の契約期間の上限が3年ではなく5年です。5年契約を1回更新すれば、その時点で通算5年を超えます。契約期間を長くすれば無期転換が遠のくわけではない点に注意が必要です。
クーリング期間: 空白6か月の数え方
同条第2項は、契約と契約の間に「空白期間」があり、それが6か月以上であれば、空白期間前に満了した契約の期間は通算契約期間に算入しないと定めています。ただし、空白期間の直前の契約期間（連続する契約は通算した期間）が1年に満たない場合は、その期間に2分の1を掛けた期間を基礎として厚生労働省令で定める期間に短くなります。
医局人事で医師が関連病院へ出て、一定期間後に大学へ戻るケースでは、この空白期間の計算が問題になります。関連病院は別の使用者なので、その間の大学との契約はありません。戻るまでの期間が6か月以上なら、大学での過去の契約期間は通算から外れる可能性があります。ただし、クーリングを生じさせる目的で形式的に契約を切る運用は、後に述べる雇止めの法理や制度の趣旨との関係で問題になりえます。
10年特例は2本の法律にある: 科技法15条の2と任期法7条
10年特例はどちらも、労働契約法第18条第1項の「五年」を読み替える形で書かれています。条文は、科技法第15条の2第1項、任期法第7条第1項とも、同項中「五年」とあるのは、「十年」とする、という書き方です。
科技法15条の2: 研究者等と研究支援の専門職
対象は4類型です。病院・大学に関係が深いのは第1号と第2号です。
- 第1号: 研究者等であって、研究開発法人または大学等を設置する者と有期労働契約を締結したもの
- 第2号: 研究開発等の企画立案、資金の確保、知的財産権の取得・活用その他の運営・管理の業務（専門的な知識・能力を必要とするものに限る）に従事する者で、同じく研究開発法人または大学等を設置する者と有期労働契約を締結したもの
「大学等」は同法第2条で大学および大学共同利用機関とされています。研究開発法人には、リーフレットの一覧で国立がん研究センター、国立循環器病研究センター、国立成育医療研究センターなどの国立高度専門医療研究センターも挙がっています（令和3年4月現在の一覧）。
同条第2項は、大学に在学している間に大学等を設置する者等と有期労働契約を結んでいた場合、その在学期間を通算契約期間に算入しないと定めています。大学院生として医員やRAの契約を結んでいた医師の通算期間を数えるときに関係します。
任期法7条: 任期つき教員等
任期法第7条第1項の対象は、同法第5条第1項の規定による任期の定めがある労働契約を締結した教員等です。第5条第1項は、国立大学法人、公立大学法人または学校法人が、第4条第1項各号のいずれかに当たるときに、労働契約で任期を定めることができるとしています。第4条第1項の各号は、多様な人材の確保が特に求められる教育研究組織の職、助教の職、特定の計画に基づき期間を定めて教育研究を行う職、の3つです。
前提条件も条文にあります。第5条第2項は、任期を定めようとするときは、あらかじめ教員の任期に関する規則を定めておかなければならないとしています（義務）。リーフレットは、任期を定めて任用することについて本人の同意を得るなど適切に運用する必要がある、と説明しています。任期規則がない、あるいは個別契約が任期法に基づく任期であることを示していない助教の有期契約は、任期法の特例には乗りません。リーフレットも「任期法に基づいて労働契約を締結した者以外は対象となりません」と明記しています。
雇用している医師を類型に分けて判定する
ここまでの条文を、大学病院・病院でよく見る職種に当てはめると、次のように整理できます。いずれも一般論で、最終的には個々の契約書・規程・業務実態で判断します。
臨床研修医・専攻医: 診療と研修が業務の中心で、通常は「研究者等」にも任期法の「教員」にも当たらないと考えるのが素直です。原則5年で管理します。同じ病院で研修医から専攻医、医員へと契約を重ねる場合は、職名が変わっても使用者が同一なら通算される点に注意します。給与・待遇の側面は「専攻医の給料と手取り」も参照してください。
医員（診療医員）: 職名は大学ごとに異なりますが、任期法の「教員」の定義には入りません。科技法の「研究者等」に当たるかは業務実態次第です。国の資料に医員を名指しした基準はないため、ここからは本記事の推論です。診療が中心であれば、原則5年で管理しておくのが安全側だと考えます。研究に従事する実態があり特例を適用するなら、その根拠を書面で示しておくべきです。
助教: 任期法第4条第1項第2号が「助教の職に就けるとき」を挙げているため、任期規則を定め本人の同意を得て任期を付けていれば、任期法の10年特例の対象になりえます。規則や契約上の手当てがなければ、原則に戻ります。
特任教員・特任研究員: 外部資金で雇用される特任のポストは、研究者等として科技法の特例対象になることが多い類型です。ただし特任教員が臨床業務を主に担う場合は、医員と同じ問題が生じます。
市中病院の有期雇用医師: 大学等でも研究開発法人でもない病院なら、職種にかかわらず原則5年です。
文部科学省が平成30年3月1日時点で全国立大学法人86法人と大学共同利用機関法人4法人に行った調査でも、対応は分かれていました。「職種によって異なる対応を行う」が52法人（57.8%）で最多で、別添の各法人の対応内容には、医員について契約更新の上限を設けない、医員と研修医を採用時から無期雇用の職種にした、医員を平成30年4月から無期雇用へ切り替える、といった記載が見られます。医員を有期で回し続けることが前提ではなかった大学が少なくない、ということです。
申込権発生の前後で明示が必要なこと: 令和6年4月の改正
令和6年4月1日から、労働基準法施行規則第5条が改正され、有期労働契約の明示事項が増えました。労働基準法第15条第1項の労働条件の明示義務に基づくもので、明示は使用者の義務です。
締結時・更新時の更新上限: 第5条第1項第1号の2は、更新する場合がある有期労働契約について「有期労働契約を更新する場合の基準に関する事項」を明示事項とし、括弧書きで、通算契約期間または更新回数に上限の定めがある場合には当該上限を含むとしています。「通算5年まで」「更新は4回まで」といった上限を設けているなら、契約のたびに書く必要があります。
申込権が発生する契約の締結時: 第5条第5項は、その契約期間内に労働者が無期転換申込みをすることができることとなる有期労働契約の締結の場合、無期転換申込みに関する事項と、転換後の労働条件を明示しなければならないとしています。同条第6項は、無期転換申込みに関する事項と、転換後の労働条件のうち契約期間・就業場所と業務・労働時間等・賃金・退職に関する事項（昇給を除く）を、書面の交付等の方法で明示する事項に加えています。10年特例の対象者であれば、申込権が発生するのは通算10年を超える契約の締結時です。
転換後の労働条件の説明: 厚生労働省の雇止めに関する基準（平成15年厚生労働省告示第357号。改正後の題名は「有期労働契約の締結、更新、雇止め等に関する基準」）も同日に改正され、転換後の労働条件を明示する際に、就業の実態に応じて正職員等との均衡を考慮した事項を説明するよう努めなければならないとされました。こちらは努力義務です。
10年特例の対象者には、法令上の明示に加えて、文部科学省から運用上の依頼が出ています。令和7年12月26日付の通知は、特例対象者と有期労働契約を締結する場合、相手方が特例対象者となる旨等を書面により明示し、10年特例の制度の概要を説明すること等を求めています。これは通知による依頼で、法律上の義務とは性質が異なりますが、同通知は、契約締結時等にこれらを伝えていない機関が前年度に続いて見られたと指摘しています。国が毎年調査している以上、病院として対応しない理由はありません。
更新上限を後から設けるときの説明義務
前述の雇止めに関する基準は、令和6年4月の改正で、有期労働契約の締結後、契約の変更または更新に際して、通算契約期間または更新回数の上限を定め、またはこれを引き下げようとするときは、あらかじめ、その理由を労働者に説明しなければならないとしました（厚生労働省 基発0330第1号の要約）。
この基準は労働基準法第14条第2項に基づいて厚生労働大臣が定めるもので、同条第3項により労働基準監督署が使用者に助言・指導を行う根拠になっています。「しなければならない」と書かれているため説明を省いてよいものではありませんが、罰則で直接担保される規定とは位置づけが異なります。
人事実務でよく起きるのは、無期転換が見えてきた段階で就業規則や個別契約に「通算5年まで」を新たに入れる場面です。医員の更新に上限がなかった大学が上限を設ける場合が典型です。この場合は、上限を設ける前の段階で、対象者に理由を説明し、その記録を残しておきます。説明をしたことは、後述の雇止めの法理で「更新への合理的な期待」が争われたときの事実関係にもなります。
上限を設けること自体を禁じる条文はありません。ただ、リーフレットは、無期転換ルールの適用を意図的に避ける目的で、申込権が発生する前に雇止めや契約期間中の解雇等を行うことは、労働契約法の趣旨に照らして望ましいものではないと述べています。上限の新設は、理由が説明できる場合に限るのが安全です。
雇止めのリスク: 労働契約法19条と雇止め基準
申込権の発生前に契約を終わらせれば無期転換は起きません。しかし、雇止めそのものが無効になる場合があります。労働契約法第19条は、次のいずれかに当たる有期労働契約で、労働者が更新を申し込んだ場合に、使用者の拒絶が「客観的に合理的な理由を欠き、社会通念上相当であると認められないとき」は、従前と同一の労働条件で申込みを承諾したものとみなすと定めています。
- 第1号: 過去に反復して更新され、雇止めが無期契約の解雇と社会通念上同視できると認められるもの
- 第2号: 契約期間の満了時に更新されると期待することについて合理的な理由があると認められるもの
医員を毎年ほぼ自動的に更新してきた病院では、第1号・第2号のどちらにも当たりうる状態が生まれやすくなります。医局から「来年もいてもらう」と言われていた、更新の面談が形式だけだった、といった事情は、更新への期待を基礎づける方向に働きます。19条の適用が争われるのは個別の事情によるため、本記事ではどの程度で当たるかの判断には踏み込みません。
手続面では、雇止めに関する基準が、3回以上更新された場合などの一定の有期労働契約を更新しないときは、少なくとも契約期間満了日の30日前までに予告すること（あらかじめ更新しない旨を明示している場合を除く）、労働者が雇止めの理由の証明書を請求したときは遅滞なく交付すること、を定めています。証明書に書く理由は「契約期間の満了」とは別の理由が必要だと厚生労働省のリーフレットは説明しています。
あわせて、労働契約法第17条第2項は、有期労働契約の目的に照らして必要以上に短い期間を定めて反復更新することのないよう「配慮しなければならない」としています。配慮義務です。半年契約を細かく積み重ねる運用は、この規定との関係でも見直しの対象になります。
データで見る: 10年特例対象者の帰結
10年特例の運用は、文部科学省が毎年調査しています。令和7年12月26日付の通知が示した結果では、回答機関の特例対象者のうち、令和6年度中に契約を更新していれば申込権が発生していた者について、新たに無期労働契約を締結した者が598人（8.7%）、有期労働契約を継続した者が5,355人（77.6%）、労働契約を終了した者が710人（10.3%、いわゆる定年退職者を除く）でした。
有期契約を継続した5,355人は、申込みがあれば無期に転換される人たちです。そのうち実際に申込権を行使したのは472人（8.8%）にとどまりました。通知は、申込権の行使を妨げる行為が行われているのではないかとの指摘があることにも触れ、無期転換の手続きの確実な周知や、申込みを書面で行うこととするなどの対応を求めています。また、申込権が発生しているのに行使されない理由を把握していない機関が相当数あったとして、理由の把握に努めるよう依頼しています。
医師について言えば、申込権を持っていても、医局人事による異動を前提に申込みをしない、という判断は十分ありえます。病院側の課題は、申し込むかどうかを本人が知ったうえで選べる状態にしておくことです。書面での申込み窓口と様式を用意し、申込権の発生時期を個人ごとに管理する。同通知の別添にも、全有期労働契約者の申込権の発生日と申込状況を一元管理する取組例が挙がっています。
人事部門の点検手順
ここまでの内容を、人事部門の作業に置き換えると次の順になります。
- 有期雇用の医師全員を、職名・所属・業務内容・雇用財源・契約開始日（平成25年4月1日以降の通算）で一覧にする
- 個人ごとに、適用するルール（労契法18条/科技法15条の2/任期法7条）と、その根拠（任期規則の条項、研究業務の内容）を記録する
- 10年特例の対象者には、対象であることと制度の概要を書面で伝える
- 労働条件通知書の様式に、更新上限の有無と内容、申込権が生じる契約での申込機会と転換後の条件を入れる
- 上限を新設・短縮する予定があれば、事前の説明の方法と記録の残し方を決める
- 雇止めの30日前予告、理由証明書、申込みの受付窓口を規程に落とす
無期転換を受け入れた後の処遇設計（給与表、当直手当、役職）は、「病院の医師給与体系の設計」で部品ごとに整理しています。有期から無期へ移る医師の定着をどう支えるかは「病院の医師定着率を上げる」も参照してください。
まとめ: まず「誰が何年ルールか」の一覧から
有期雇用の医師の無期転換で最初にやるべきことは、規程の改定ではなく、雇っている医師一人ひとりについて、5年と10年のどちらのルールで、何を根拠にそう判断したのかを一覧にすることです。医員・専攻医を一律に10年特例で扱っている場合は、とくに根拠の確認を急ぐべきです。
そのうえで、労働基準法施行規則第5条の明示（義務）、更新上限の新設・短縮時の事前説明（雇止め基準上の義務）、転換後の条件の均衡の説明（努力義務）、10年特例対象者への書面明示（文部科学省通知による依頼）を、性質の違いを踏まえて労働条件通知書と運用に組み込みます。個別の契約や雇止めの判断が必要な場合は、労働基準監督署や社会保険労務士・弁護士など専門家に確認してください。
参考資料
- 労働契約法 第17条・第18条・第19条（e-Gov法令API）
- 労働基準法 第14条、労働基準法施行規則 第5条（e-Gov法令API）
- 科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律 第2条・第15条の2（e-Gov法令API）
- 大学の教員等の任期に関する法律 第2条・第4条・第5条・第7条（e-Gov法令API）
- 文部科学省・厚生労働省「大学等及び研究開発法人の研究者、教員等に対する労働契約法の特例について」
- 文部科学省 7文科科第635号「研究者・教員等の雇用に係る適切な対応について（依頼）」令和7年12月26日
- 厚生労働省 基発0330第1号 令和5年3月30日
- 厚生労働省「有期労働契約の締結、更新、雇止め等に関する基準について」リーフレット
- 文部科学省「各国立大学法人及び大学共同利用機関法人における無期転換ルールへの対応状況に関する調査 結果概要（平成29年度）」