日本学生支援機構（JASSO）の奨学金を、医師になってからも毎月口座から引き落とされている人は少なくありません。初期研修や専攻医の時期は給与水準が低く、医学部6年分の貸与額は他学部より大きくなりがちです。一方で、2021年4月から、勤務先がJASSOへ直接返還額を送金する「企業等の奨学金返還支援（代理返還）制度」が始まり、病院の導入も増えています。本記事では、JASSO・国税庁の一次資料をもとに、代理返還が給与として課税されない理屈、課税されてしまう典型パターン、病院の導入例の読み方、そして転職のときに何が起きるかを順に整理します。

図1: 代理返還の資金の流れ（概念図）

結論: 「病院がJASSOへ直接送る」形なら所得税は非課税になり得る

先に要点を書きます。

  • 代理返還は、勤務先が従業員の返還残額の一部または全額をJASSOへ直接送金する制度です。JASSOの資料では、この形をとることで返還額の所得税は「非課税となり得ます」とされています。
  • 根拠は所得税法第9条第1項第15号の「学資に充てるため給付される金品」です。国税庁は質疑応答事例で、奨学金が学資に充てられており、給付がその返済に充てられる限りにおいては、奨学金の返済に充てる給付も、通常の給与に代えて給付されるなど給与課税を潜脱する目的のものを除けば、非課税の学資金として扱って差し支えないとしています。
  • ただし、奨学金手当として給与に上乗せして本人に払う方式は、JASSO自身が「所得税非課税とするのは難しい」と書いています。給与を減らして代わりに返す方式も、タックスアンサーの要件から外れます。役員への支給も非課税の対象外です。
  • 転職・退職で病院からの送金が止まると、JASSOは自動的に本人の口座からの引き落としに戻します。届出は不要ですが、引き落とし口座の残高は自分で確保しておく必要があります。
  • 病院が肩代わりした分を、退職時に本人へ請求すること（求償）は制度上想定されていません。院内規程に返還条項がある場合は、入職前に文面で確認してください。

地域枠や都道府県の修学資金の返還免除は、代理返還とは別の制度です。義務年限の途中で離脱した場合の扱いは地域枠の離脱と違約金で整理しています。

JASSO奨学金の返還の基本

代理返還の話に入る前に、返還そのものの仕組みを確認します。JASSOの貸与奨学金には無利子の第一種奨学金と有利子の第二種奨学金があり、代理返還の対象はこの2つです（JASSO「企業等の奨学金返還支援（代理返還）への対応」）。返還は原則として本人名義の口座からの毎月の引き落とし（割賦金）で進みます。

返還が苦しくなったときのために、JASSOは月々の返還額を少なくする「減額返還制度」、返還を待ってもらう「返還期限猶予」、死亡または精神もしくは身体の障害による返還免除を用意しています（JASSO「返還が難しくなった場合」）。大学院進学や留学で猶予を使っている医師もいるはずです。

ここで1つ注意があります。減額返還中や返還期限猶予中は、原則として代理返還を受けられません。 JASSOのQ&A（Q27・Q28）によると、猶予中の人の支援を希望する場合は「奨学金返還期限猶予短縮願」、減額返還中なら「奨学金減額返還短縮願」の提出が必要です。減額返還中は、病院から送金があった月でも本人口座からの振替が起きることがあるためです。大学院在学中の猶予を使ったまま市中病院へ移る場合は、入職手続きの段階で短縮願の要否を確認しておくと、最初の数か月の二重引き落としや支援漏れを防げます。

代理返還制度の仕組み

JASSOの説明では、この制度は「企業等が奨学金の返還残額の一部又は全額を、従業員に代わって日本学生支援機構に直接送金する制度」です。それ以前は企業から従業員へお金を渡す方法しかありませんでしたが、2021年4月から直接送金ができるようになりました。利用している企業等は、令和8年3月末時点で全国4,852社とされています（JASSO代理返還の企業等向けサイト）。2024年5月末時点の資料では2,023社・支援対象6,868人だったので、2年弱で2倍以上に増えた計算です。この中には病院や医療法人も含まれます。

送金方法は2つあります。

  • 口座振替: 病院の口座から毎月6日（土日祝は翌営業日）に支援額が引き落とされます。1件あたり手数料135円（うち消費税12円）は病院負担です。
  • 払込取扱票: JASSOが送ってくる払込取扱票で、ゆうちょ銀行やコンビニから送金します。ゆうちょ銀行なら1件30円の手数料がかかります。

細かい運用ルールのうち、医師本人に関係するものを挙げます。

  • 割賦額未満の支援は払込取扱票では受け付けない。 毎月1万円の割賦額に5千円だけ送る、といった支援は債権管理上お断りしているとされています（Q24）。口座振替なら割賦額未満でも可能で、差額は本人口座から引き落とされます（Q12）。
  • 一括返還も可能。 返還残額を一括で支援でき、過剰金が出た場合は原則として本人に返金されます（Q30）。
  • 本人も返還を続ける設計が多い。 病院の支援額が割賦額に足りない、または年2回だけ送金するといった設計では、本人の引き落としも並行して続きます。
  • 病院はJASSOに対して債務を保証しない。 病院と本人の約束がどうであれ、返還が遅れれば督促は本人に来ます（JASSO「その他留意点」）。

支援額を決めるために、病院から「奨学金返還証明書」の提出を求められることがあります。これはスカラネット・パーソナルから発行を申請できます。

非課税になる理屈: 所得税法第9条第1項第15号

勤務先からお金をもらえば、通常は給与所得です。代理返還がそうならない根拠は、所得税法第9条第1項第15号にあります。条文は、非課税所得として「学資に充てるため給付される金品」を挙げ、そこから「給与その他対価の性質を有するもの」を除いています。ただし括弧書きで、給与所得者が使用者から受けるものについては、通常の給与に加算して受けるもので、役員や使用人の親族などに関する一定の場合に当たらないものは、除外の対象から外すと定めています（e-Gov法令検索・所得税法）。

国税庁のタックスアンサーNo.2588「学資に充てるための費用を支出したとき」は、これを実務の要件に直しています。

  1. 通常の給与に加算して支給する費用であること。本来の給与を減額し、それに相当する額を学資金として支給するものは給与として課税される
  2. 法人の場合、役員の学資に充てるため支給する費用、役員や使用人と特別の関係がある者の学資に充てるため支給する費用でないこと

もう1つの論点は、「卒業後の奨学金の返済」が「学資」と言えるかです。お金は返済に回るだけで、その時点では学資に使われていません。国税庁の質疑応答事例「奨学金の返済に充てるための給付は『学資に充てるため給付される金品』に該当するか」は、この点を正面から扱っています。県が奨学金の返済支援金を貸与元の財団へ直接送金する事例で、国税庁は、返済に充てる給付は原則として学資金に当たらないとしつつ、

通常の給与に代えて給付されるなど給与課税を潜脱する目的で給付されるものを除き

非課税の学資金として扱っても課税の適正性・公平性を損なわないと回答しています（国税庁 質疑応答事例・所得税）。この事例で決め手になったのは、奨学金が修学費用の範囲内であることと、支援金が貸与元に直接送られ、債務残高を超えないため返済以外に流用されないことでした。

JASSOの代理返還が「病院から本人を経由せず、JASSOへ直接」という形をとるのは、この「流用されない」ことを外形で示すためです。JASSOも資料で、直接送金によって通常の給与と返還額が区分され、奨学金の返還であることが明確になるため、所得税は非課税となり得ると説明しています。

図2: 非課税になるかの判定フロー（概念図）

手当で受け取る場合との差を計算する

「奨学金手当」として給与に上乗せされる方式と比べて、手取りがどれだけ違うかを試算します。前提は、病院が毎月2万円（年24万円）を5年間、合計120万円支援するケースです。所得税率は国税庁タックスアンサーNo.2260の速算表、復興特別所得税は所得税額の2.1%、住民税所得割は一律10%として計算します。

課税される所得金額が900万円から1,799.9万円の帯（所得税率33%）にいる医師の場合、上乗せ分にかかる限界税率は次のとおりです。

  • 所得税 33% × 1.021 = 33.693%
  • 住民税 10%
  • 合計 43.693%

年24万円を手当で受けると、税で約10.5万円（24万円 × 43.693% = 104,863円）が引かれ、手取りの増加は約13.5万円です。5年間では、税の差が約52.4万円になります。課税所得1,800万円以上の帯（所得税率40%）なら限界税率は50.84%になり、5年間の差は約61.0万円です。

図3: 年24万円の支援を手当で受けた場合と代理返還の場合の手取り比較（試算）

社会保険料については、JASSOの資料に、代理返還による返還金は原則として標準報酬月額の算定の基になる報酬に含めないとあります。ただし、給与規程などで給与に代えて奨学金を返還する場合は報酬に含めるとされています。もっとも、給与水準の高い医師は標準報酬月額の上限に達していることが多く、その場合は手当方式でも保険料はほとんど変わりません。差が出るのは主に税の部分です。

なお試算は限界税率による概算です。住民税の調整控除や他の所得控除の影響は含めていません。

非課税にならない典型パターン

図4: 課税されてしまう4つのパターン（概念図）

1. 奨学金手当として本人に払う

JASSOの資料は、通常の給与に奨学金返済用の手当を上乗せするケースについて、手当が本当に返済に充てられたか疑義があり、厳密には学資に充てられたとみなせないため、所得税を非課税とするのは難しいと書いています。求人票に「奨学金返済手当 月○万円」とある場合、この方式である可能性があります。課税されるかどうかで、高所得の医師では実質の価値が4割前後変わるので、支払い方法は確認しておく価値があります。

2. 給与を減らして、その分を返還に回す

タックスアンサーNo.2588の要件1に当たります。たとえば「基本給を月3万円下げる代わりに、3万円をJASSOへ送る」という設計は、本来支給すべき給与を減額して学資金にしているので、給与として課税されます。社会保険でも、給与規程により給与に代えて返還する場合は報酬に含めるとされています。医師の年俸制では総額が先に決まり、その内訳を組み替える交渉になりがちです。「年俸総額は同じで、一部を代理返還に回す」という形は、この要件に引っかかるおそれがあります。

3. 役員への支給

所得税法の括弧書きとタックスアンサーの要件2により、法人の役員の学資に充てるための費用は非課税になりません。JASSOのQ&A（Q2）も、国税庁の見解として役員は対象外と明記しています。医療法人では、病院長や分院長が理事に就いていることがよくあります。雇われ院長として理事を兼ねる場合、同じ代理返還でも課税対象になり得ます。さらに法人税側でも、役員給与は一定のものを除いて損金不算入になるとJASSOの資料に留意点として書かれています（法人税法第34条）。

4. 開業医が自分の奨学金を返す

JASSOのQ&A（Q26）では、個人事業主も制度を利用できるとしています。ただし、非課税の前提は「使用人に学資に充てるための費用を支給する場合」なので、個人事業主自身は使用人ではなく、代理返還しても課税対象となり損金算入できないと考えられるとしています。開業医が事業の資金で自分の奨学金を返しても、経費にはなりません。

病院の導入例を読む

公開されている病院の例を3つ挙げます。いずれも採用ページやお知らせで公表されている内容です。

  • 十善会病院（長崎市）: 2026年10月から「奨学金代理返還支援制度」を導入し、返還開始から5年間、月額2万円を上限に代理返還すると告知しています。
  • 社会医療法人聖峰会（福岡県久留米市）: 2025年7月に「奨学金返還支援制度」を導入し、新卒・中途の入職希望者のうちJASSOの奨学金を返済中の看護師・薬剤師・介護士を対象に、最長5年間・最大180万円を支援するとしています。
  • 谷津保健病院・東京湾岸リハビリテーション病院（千葉県習志野市）: 法人がJASSOへ直接返還する制度で、対象は常勤の看護師・理学療法士・作業療法士・言語聴覚士・薬剤師です。中途採用者は勤務1年以上が要件で、人材紹介会社経由の入職者は対象外です。勤怠や業務等に問題があった年や懲罰等に該当した場合、退職を予定している場合などは代理返還を行わないと明記しています。送金は年2回（9月・3月）で、職員自身も並行して返還する設計です。

図5: 公開されている病院の代理返還制度の比較

並べてみると、職種を明記している2法人は看護師・薬剤師・介護士やリハビリ職を対象としており、十善会病院の告知は職種を明記していません。医師を明示的に対象とする例は、今回の調査では見つけられませんでした。 制度がない、という意味ではありません。医師の待遇は個別交渉で決まることが多く、採用ページに載らないだけの可能性があります。病院がすでにJASSOの利用登録を済ませていれば、医師を対象に加えるのに必要なのは院内規程の改定と支援対象者情報の登録で、新たな仕組みはほとんど要りません。JASSOのサイトには導入企業等の検索ページもあり、地域や業種で検索できます。

交渉の材料として整理すると、次のようになります。

  • 医師は年収水準が高く限界税率も高いため、同じ金額を手当で受けるより代理返還で受ける方が、本人の手取りの差が大きい
  • 病院側は、代理返還を給与として損金算入でき、一定の要件を満たせば賃上げ促進税制の対象になり得るとJASSOは説明している
  • 月数万円の支援でも、5年なら100万円単位の総額になる

東京湾岸リハビリテーション病院の例のように、紹介会社経由の入職者を対象外とする規程もあります。理由は公表されていませんが、応募経路によって支援の有無が変わることがある点は押さえておきましょう。紹介会社を使うかどうかを決める前に、転職エージェントの手数料の仕組みもあわせて確認しておくとよいでしょう。

転職するときに起きること

送金が止まると、本人の引き落としが自動で戻る

JASSOのQ&A（Q31）によると、従業員の休職・退職に伴って病院が支援を中断・再開することは可能です。病院からの送金がない場合は、自動的に従業員の口座からの振替が再開され、特段の届出や申請は不要とされています。

つまり、退職月の翌月から突然、自分の口座から割賦金が引かれ始めます。代理返還を受けている間は引き落とし口座を使っていないことが多く、残高不足で引き落とせなければ延滞の扱いになります。退職日が決まったら、最後の送金月を病院の人事に確認し、その翌月の本人口座からの振替日に間に合うよう、口座に入金しておくのが安全です。

病院が払った分を返せと言われるか

JASSOの資料は、代理返還は民法上の代位弁済とは異なり、企業等が従業員に代わって返還しても、その返還額を従業員に求めること（求償権の行使）は想定していないとしています。

ただし、これはJASSOと病院の間での制度の考え方です。病院と医師の間の雇用契約や院内規程に「○年以内に退職した場合は支援額を返還する」と書かれていれば、それは別の問題として残ります。労働基準法第16条は、労働契約の不履行について違約金を定め、または損害賠償額を予定する契約を禁じています。退職を理由に支援額の返還を求める条項がこれに当たるかどうかは、支援の性質や金額、条項の書き方によって判断が分かれる領域です。入職前に規程の該当部分を文面で受け取り、返還条項の有無を確認してください。条項があるなら、それを前提に在籍期間の計画を立てるか、条項を外す交渉をするかを決めることになります。

支援要件の「年1回審査」に注意

公開例の中には、毎年申請して認可を受ける方式や、勤怠・懲戒・退職予定で支援を止める方式があります。退職の意思を伝えた時点で、その年度の支援が打ち切られる設計もあり得ます。年2回の送金で支援する病院では、退職時期が送金月の直前か直後かで、受けられる額が変わります。退職の申し出の時期を決める際は、送金スケジュールも確認材料に入れてください。転職活動の進め方そのものは転職を周囲に知られずに進める方法でまとめています。

地域枠・修学資金は別の制度

都道府県の修学資金や地域枠の奨学金は、県内の医療機関で一定期間勤務すれば返還が免除される貸与制度で、JASSOの代理返還とは仕組みが違います。名古屋国税局は2012年の文書回答で、県が地域枠の医学生に修学資金を貸与し、県内医療機関での一定期間の勤務により返還債務を免除する事例について、勤務先が貸与者自身に限られず、勤務と免除が対価関係にないことなどを前提に、免除益を非課税の学資金として扱うという照会者の見解を認めています。義務年限の途中で転職すると、一括返還を求められる規程が一般的です。離脱時の扱いは地域枠の離脱と違約金で詳しく扱っています。地方の病院へ移る場合に使える自治体の支援金は地方へ移るともらえる支援金・奨励金を参照してください。

入職前に確認する6項目

図6: 代理返還つきの病院へ移る前に確認する6項目（チェックリスト）

  1. 支払い方法: JASSOへの直接送金か、本人への手当か。手当なら課税される前提で金額を評価する
  2. 給与との関係: 給与・年俸を減額して返還に回す設計になっていないか
  3. 役職: 理事など役員に就く予定がないか。就くなら非課税の前提が崩れる
  4. 対象と期間: 医師が対象か、上限額・期間・送金頻度（毎月か年2回か）
  5. 停止条件と返還条項: 退職予定・勤怠などで止まる条件、退職時に支援額の返還を求める条項の有無
  6. 自分の返還状況: 減額返還・返還期限猶予中なら短縮願が必要か。スカラネット・パーソナルで残額と割賦額を確認しておく

まとめ

  • 代理返還は、病院がJASSOへ直接送金する制度。所得税法第9条第1項第15号と国税庁の質疑応答事例により、所得税は非課税となり得る
  • 手当として本人に払う方式、給与を減らして返還に回す方式、役員への支給は非課税にならない。開業医が自分の奨学金を返しても経費にならない
  • 課税所得900万円以上の医師なら、月2万円・5年の支援で、手当方式との差は約52万円から61万円
  • 職種を明記した公開例は看護師・薬剤師・リハビリ職などが対象で、医師を明示した例は見つからなかった。医師は個別交渉の対象になり得る
  • 転職すると本人口座からの引き落としが自動で戻る。求償は制度上想定されていないが、院内規程の返還条項は別に確認する

本記事は制度と公表資料の整理です。課税関係は個別の事実関係で変わるため、具体的な判断は税理士や勤務先の担当部署、JASSOに確認してください。特定の病院への勤務を勧める意図はありません。

参考資料

  • 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）制度」（2026年11月1日閲覧）
  • 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）への対応」（制度資料PDF）
  • 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）に関するQ&A」（2025年3月28日版）
  • 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）制度」企業等向けサイト（令和8年3月末時点の利用企業等数）
  • 日本学生支援機構「返還が難しくなった場合」
  • 所得税法 第9条第1項第15号（e-Gov法令検索）
  • 労働基準法 第16条（e-Gov法令検索）
  • 国税庁 タックスアンサーNo.2588「学資に充てるための費用を支出したとき」（令和8年4月1日現在法令等）
  • 国税庁 タックスアンサーNo.2260「所得税の税率」
  • 国税庁 質疑応答事例（所得税）「奨学金の返済に充てるための給付は『学資に充てるため給付される金品』に該当するか」
  • 国税庁 質疑応答事例（所得税）「従業員に貸与した奨学金の返済を免除した場合の経済的利益」
  • 名古屋国税局 文書回答事例「県から奨学金の貸与を受けた医学生が医師免許取得後県内の医療機関に一定期間従事することによりその返還及び利息の支払に係る債務を免除された場合の課税関係について」（平成24年3月9日回答）
  • 十善会病院「『奨学金代理返還支援制度』を導入します。」（2026年6月8日）
  • 社会医療法人聖峰会「『奨学金返還』を支援します！！」（2025年7月29日）
  • 東京湾岸リハビリテーション病院「奨学金返還支援(代理返還)制度」