勤務医の年収、手取りはいくら残るか

「額面は1,500万円近いのに、手取りは1,000万円ちょっと」。勤務医の給与明細を見て、この開きに戸惑ったことがある方は多いはずです。転職サイトの年収表示や医局からの提示額は額面であり、実際に使えるのは手取りだけです。この記事では、額面から手取りに至るまでの控除を、社会保険料→給与所得控除→課税所得→所得税→住民税という計算の順序どおりに追います。使う税率・保険料率・控除額はすべて国税庁・全国健康保険協会・日本年金機構・総務省の一次情報から取り、試算の前提条件もすべて明記します。診療科別の年収比較は扱いません（別記事で解説しています）。ここで扱うのは、額面が決まったあとにどれだけ手元に残るかという変換ルールです。

結論: 額面1,484.6万円は手取り1,015.1万円になる

先に結論を示します。第25回医療経済実態調査（令和7年実施、中央社会保険医療協議会）が示す一般病院（全体）の常勤医師の平均給料年額＋賞与14,845,784円を出発点に、令和8年度の税率・保険料率で試算すると、手取りは1,015.1万円、額面の68.4%になります。

医療経済実態調査は、診療報酬改定の基礎資料を作るために厚生労働省が2年に一度実施する調査で、医療機関が実際に職員へ支給した給料・賞与の額を集計しています。一般病院（全体）の常勤医師（病院長を除く）を対象にした令和6年度の平均給料年額＋賞与は14,845,784円、中央値は17,004,495円です。平均より中央値の方が高いのは、給与水準の低い若手医師や非常勤に近い勤務形態の医師が平均を押し下げている一方、高年収層の分布が広いことを示しています。本記事では平均値の14,845,784円を代表値として使いますが、自分の額面がこの数字とどれだけ違うかによって、以下の試算結果もスライドします。

差し引かれる内訳は、社会保険料155.6万円（健康保険・子ども子育て支援金・厚生年金・雇用保険）、所得税200.1万円、復興特別所得税4.2万円、住民税109.6万円です。この試算の前提は、40歳未満（介護保険料の負担なし）・賞与なし（年収を12等分した月給のみ）・扶養家族なし・勤務地は東京都（協会けんぽ東京支部の料率を使用）・令和8年度の税制と保険料率、というものです。賞与ありのケースや扶養控除がある場合はこの数字より手取りが変わりますが、控除の「仕組み」自体は変わりません。以下、この仕組みを1ステップずつ追います。

なお、健康保険料率は都道府県ごとに協会けんぽの支部が異なる料率を設定しており、東京支部の9.85%は全国平均に近い水準です（全国健康保険協会「令和8年度の協会けんぽの保険料率」）。勤務先が健康保険組合（大学病院や大規模病院法人など）に加入している場合は、組合独自の料率が適用されるため、本記事の試算とはずれます。自分の保険証に記載された保険者名を確認すると、協会けんぽか組合健保かが分かります。

手取りを計算する5つのステップ

額面から手取りを出す計算には決まった順序があります。社会保険料を先に確定させないと、所得税・住民税の課税所得が計算できないためです。逆に言えば、この順序さえ押さえれば、自分の額面に合わせて同じ計算を再現できます。

1. 社会保険料を先に確定する（標準報酬月額×料率÷2＋標準賞与額×料率÷2＋額面×雇用保険料率）
2. 給与所得を出す（給与所得＝額面年収－給与所得控除）
3. 課税所得を出す（給与所得－社会保険料控除－基礎控除ほか。基礎控除の額は所得税と住民税で異なる）
4. 所得税を計算する（課税所得×税率－控除額。超過累進課税）
5. 住民税を計算する（課税所得×10％＋均等割・森林環境税。比例課税）

住民税だけは前年の所得に対する課税のため、実際に給与から引かれるのは翌年6月からの12か月間です。今年の額面が上がっても、住民税への反映は1年遅れます。

ステップ1: 社会保険料には上限がある

社会保険料は「標準報酬月額」という区分にもとづいて決まります。実際の月給そのものではなく、一定の幅ごとに区切られた等級に当てはめた金額を使う点が特徴です。そしてこの標準報酬月額には上限があります。

健康保険（協会けんぽ東京支部）は第50級・標準報酬月額139万円が上限で、報酬月額135万5,000円以上はすべてこの等級に区分されます（全国健康保険協会「令和8年度保険料額表」）。厚生年金保険はさらに低い第32等級・標準報酬月額65万円が上限で、報酬月額63万5,000円以上（賞与なしで月割りすると額面年収762万円相当）から上限に達します（日本年金機構「厚生年金保険料額表」）。賞与にも上限があり、標準賞与額は健康保険が年573万円、厚生年金保険が1回150万円までしか保険料の計算に使われません（全国健康保険協会）。標準報酬月額は毎年4〜6月の報酬をもとに9月分から1年間適用する「定時決定」が基本で、月々の給与が多少変動しても保険料はすぐには変わりません。

つまり、額面が上がるほど、社会保険料の「計算に使われる金額」の伸びが額面の伸びより遅れて止まる構造になっています。

本記事の試算（賞与なし・40歳未満・東京都）で、額面別の本人負担額と実効負担率（額面に対する社会保険料の割合）を並べると次のとおりです。

保険料の絶対額は増え続けますが、額面に対する率は下がり続けます。額面600万円から2,500万円まで額面は4倍以上に増えているのに、社会保険料の絶対額は88.1万円から167.9万円へ2倍にも届きません。健康保険料率9.85%・介護保険料率1.62%（40歳以上）・厚生年金保険料率18.300%はいずれも全国健康保険協会・日本年金機構の公表値、雇用保険料率（一般の事業・労働者負担分5/1,000）は厚生労働省「令和8年度雇用保険料率のご案内」による令和8年度の値です。40歳を迎えると介護保険第2号被保険者になり、健康保険料率に1.62%が上乗せされる点も併せて押さえておくと、40歳前後で手取りが一段下がる理由が分かります。

ステップ2・3: 給与所得と課税所得を出す

社会保険料が確定したら、次は所得の計算です。給与所得は「額面年収－給与所得控除」で求めます。給与所得控除は収入に応じて段階的に増えますが、収入850万円を超えると195万円で頭打ちになります（国税庁 No.1410「給与所得控除」）。勤務医の年収帯（平均1,484.6万円）はこの上限区分に入るため、給与所得控除はほぼ一律195万円と考えてよい水準です。

課税所得は「給与所得－社会保険料控除（全額）－基礎控除ほか」で求めますが、ここで所得税と住民税の計算が分かれます。基礎控除の金額が両者で異なるためです。所得税の基礎控除は令和7年度税制改正により合計所得金額に応じた区分になり、合計所得金額655万円超2,350万円以下では58万円です（国税庁「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」）。一方、住民税の基礎控除はこの改正の対象外で、合計所得金額2,400万円以下では43万円のまま据え置かれています（総務省「個人住民税」）。同じ「基礎控除」という名前でも、所得税と住民税で15万円の差があるということです。

社会保険料控除は、その年に実際に払った健康保険料・厚生年金保険料・雇用保険料の全額を、上限なく課税所得から差し引ける控除です。ここに挙げた基礎控除・社会保険料控除は誰でも自動的に適用される「人的控除」ですが、この他に生命保険料控除、iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金にあたる小規模企業共済等掛金控除、ふるさと納税にあたる寄附金控除など、自分で申告して初めて適用される控除もあります。本記事の試算はこれらを使わない前提の「素の額面」に対する手取りであり、実際に使える控除を組み合わせればここで示した手取りより多く残ります。どの控除から手をつけるべきかは、別に用意した節税ガイドで手取りインパクトの大きい順に整理しています。

なお、常勤先以外にスポット勤務や当直バイトの収入がある場合、その分も給与所得として合算されます。勤務先が2か所以上ある給与所得者は、年末調整だけでは所得税の精算が完結せず、原則として確定申告が必要になります。バイト先の源泉徴収では一律の税率（多くの場合10.21%）が天引きされているだけで、実際の税額は常勤先の給与と合算した課税所得をもとに再計算されるため、確定申告をして初めて正しい手取りが確定する、という点も押さえておくとよいでしょう。

所得税の基礎控除は令和7年度・令和8年度の暫定措置として一部の所得区分で上乗せされていますが、合計所得金額655万円超2,350万円以下の区分（58万円）は令和9年分以降も維持される予定です（国税庁「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」）。勤務医の平均年収帯はこの区分に入るため、本記事の試算で使った基礎控除58万円は、当面の間は変わらない見込みです。

ステップ4: 所得税は課税所得が上がるほど税率も上がる

所得税は超過累進課税です。課税所得の額に応じて7段階の税率が段階的に適用され、税率だけでなく「その帯に入って初めて適用される部分の税率」という考え方が重要になります。

国税庁 No.2260「所得税の税率」の速算表は次のとおりです。

ここに住民税所得割10%（一定）を足した「額面を1万円増やしたときに実際に手元へ残る割合」を並べたのが図5です。課税所得900万円の帯に入ると所得税・復興特別所得税・住民税の合計税率は43.7%、1,800万円の帯では50.8%に達します。課税所得900万円はおおむね額面年収1,300万円前後に相当し（本記事による試算）、勤務医の平均年収帯はこの税率の帯にすでに入っています。

所得税額の計算には2.1%の復興特別所得税が上乗せされます。これは東日本大震災の復興財源に充てるための税で、令和19年分まで課される時限措置です（国税庁 No.2260）。

ここで区別しておきたいのが「限界税率」と「平均税率」です。課税所得900万円超1,800万円以下の帯にいる場合、税率33%が適用されるのはこの帯に入った部分だけで、900万円以下の部分には5%〜23%のより低い税率が段階的に適用されています。したがって「所得税率33%」と聞いても、所得全体の33%を所得税で持っていかれるわけではありません。一方で、給与が1万円増えたときに実際に減る手取りを考えるときに効いてくるのは、まさにこの33%（＋復興特別所得税・住民税を足した実効的な限界税率）です。図5が示しているのは、この「追加の1万円にかかる税率」であり、「所得全体の税負担率」ではない点に注意してください。

ステップ5: 住民税は税率一定、その分「重い」

住民税は所得税と違い、税率が課税所得にかかわらず一定です。所得割は道府県民税4%＋市町村民税6%＝10%（政令指定都市は道府県民税2%＋市町村民税8%）で、これに均等割4,000円（道府県民税1,000円＋市町村民税3,000円）と森林環境税1,000円が上乗せされます（総務省「個人住民税」）。森林環境税は令和6年度から個人住民税均等割と合わせて徴収が始まった国税で、年額1,000円です。

税率が一定という点だけを見ると所得税より軽く感じますが、住民税には所得税のような高所得者向けの累進構造がありません。課税所得が900万円でも3,000万円でも、税率は変わらず10%です。そのため、所得の絶対額が大きい勤務医にとって、住民税は「額」として無視できない負担になります。本記事の試算では、額面1,484.6万円に対して住民税109.6万円、額面の7.4%です。

給与所得者の住民税は、原則として毎月の給与から天引きされる「特別徴収」という方式で徴収されます。転職して勤務先が変わった直後は、前の勤務先での特別徴収が途切れ、一時的に自分で納付する「普通徴収」に切り替わることがあります。年度の途中で転職を予定している場合は、この切り替え手続きが必要になる点も覚えておくとよいでしょう。

積み上げて確認する

ここまでのステップを、冒頭の額面1,484.6万円の例に当てはめて積み上げ直します。額面14,845,784円から、社会保険料155.6万円（健康保険・子ども子育て支援金・厚生年金・雇用保険の本人負担合計）を引くと、給与所得控除195万円を引いた後の課税所得のベースが決まります。所得税の課税所得は給与所得から社会保険料控除と基礎控除58万円を引いた額に、住民税の課税所得は同じ給与所得から社会保険料控除と基礎控除43万円を引いた額に、それぞれ税率を適用します。結果として所得税200.1万円、復興特別所得税4.2万円、住民税109.6万円が確定し、額面から4つの控除を引いた残りが手取り1,015.1万円になります。

この4つの控除（社会保険料・所得税・復興特別所得税・住民税）を合計すると469.5万円で、額面の31.6%にあたります。裏を返せば、額面の68.4%が手取りとして残る計算です。額面が上がるほどこの手取り率は下がっていきますが、下がり方は一定ではなく、社会保険料の上限と所得税の累進構造が重なる帯でとくに大きく下がります。次の章で、この「下がり方」を具体的に確認します。

診療科によって年収の水準は変わりますが、診療科別の年収を示す公的統計は存在しません（詳しくは「医師の年収は診療科別に公表されない」で解説しています）。本記事は診療科ではなく、額面が決まったあとにどれだけ手元に残るかという「変換ルール」に焦点を当てています。

額面が上がっても、手取りの伸びが鈍る理由

勤務医からよく聞かれるのが「年収が上がったはずなのに、生活が楽になった実感がない」という感覚です。この感覚には、ここまで見てきた3つの仕組みが関係しています。

第一に、社会保険料には標準報酬月額の上限があるため、額面が上がるほど社会保険料の「率」は下がります（図4）。第二に、所得税は超過累進課税のため、額面が上がるほど追加分にかかる税率は上がります（図5）。この2つは反対方向に効くので単純な足し算にはなりませんが、所得税率が上がる速度の方が社会保険料率が下がる速度より効いてくる帯があり、額面1,500万円台から1,600万円台にかけては、増えた100万円のうち手元に残る額がもっとも小さくなります。

本記事の試算（賞与なし・40歳未満・扶養なし・東京都）で、額面が100万円増えたときの内訳を4つの水準で並べると次のとおりです。

800万円から900万円への増加では増加分の67.8万円が手取りに残るのに対し、1,500万円から1,600万円への増加では54.0万円しか残りません。所得税率33%の帯に入りながら、健康保険の標準報酬月額はまだ上限に達していない時期に重なるためです。2,000万円を超えると社会保険料の増加はほぼゼロ（上限に張り付いた状態）になりますが、その分は所得税・住民税の増加に置き換わるだけで、手取りの増加額そのものは1,500万円台よりわずかに戻る程度にとどまります。「額面が上がれば上がるほど損」という単純な話ではなく、増える金額の中身が保険料から税に置き換わっていく、という理解が正確です。

第三に、住民税は前年所得への課税のため、額面が上がった年の手取り実感と、住民税が実際に上がる年がずれます。年収が伸びた翌年、額面は変わっていないのに手取りが目減りしたように感じるのは、この1年のタイムラグが原因であることが多いです。

転職・勤務先変更で額面を比較するときの注意点

医局からの提示額や転職エージェントの求人票は、多くの場合「額面」で表記されています。ここまで見た仕組みを踏まえると、額面の比較だけでは見落としやすい点が2つあります。

1つ目は、賞与の割合です。本記事の試算は賞与なし（月給のみ）を前提にしていますが、実際には基本給と賞与の配分は勤務先によって異なります。標準賞与額には健康保険で年573万円、厚生年金保険で1回150万円という上限があるため、同じ額面でも賞与の比重が大きい給与体系の方が、月給に寄せた給与体系より社会保険料の計算対象になる部分が相対的に少なくなり、手取りがわずかに有利になることがあります。

2つ目は、当直手当・オンコール手当・非常勤収入の扱いです。これらは給与所得として合算され、額面が上がった分だけ社会保険料・所得税・住民税の計算に影響します。額面の増加分がどの税率帯・保険料率帯に乗るかによって、同じ「時間単価」の当直でも手取りへの反映率は変わります。額面1,500万円台の医師が当直で額面を増やす場合と、額面800万円台の医師が同じ当直をする場合とでは、手取りに残る割合が異なるということです。

転職や勤務先の変更を検討する際は、額面の差額だけでなく、上に示した5つのステップに当てはめて手取りの差額を試算することをおすすめします。とくに額面1,500万円前後から2,000万円台にかけては、図6で見たとおり額面の増加分に対する手取りの増加分がもっとも鈍る帯にあたるため、額面の差だけで勤務先を選ぶと、想定していたほど手取りが増えないという結果になりやすい点に注意が必要です。

この試算の前提と限界

本記事の数字はすべて「本記事による試算」であり、国税庁・全国健康保険協会・日本年金機構・総務省が公表する令和8年度の税率・保険料率・控除額を、40歳未満・賞与なし・扶養家族なし・東京都（協会けんぽ）という条件に当てはめて計算したものです。実際の源泉徴収票や住民税決定通知書の金額とは、次の理由でずれることがあります。賞与の有無と配分、扶養家族の有無、40歳以上か未満か（介護保険料の有無）、勤務先が協会けんぽか健康保険組合か、居住する都道府県・市区町村、生命保険料控除やiDeCo・ふるさと納税など任意の控除の利用有無、これらすべてが手取り額に影響します。自分の状況に合わせた正確な金額を知りたい場合は、給与明細・源泉徴収票に記載された標準報酬月額と、居住する自治体の住民税率を確認することをおすすめします。

まとめ: 額面ではなく、手取りの伸び方で判断する

額面年収の比較だけでは、実際に使える金額の差は見えません。勤務医の給与は社会保険料の上限と所得税の累進構造という、方向の異なる2つの仕組みの影響を同時に受けるため、額面が上がるほど手取りの伸びは鈍っていきます。額面の大小だけで勤務先を判断せず、ここで示した5つのステップに当てはめて手取りの差額を確認したうえで、使える控除を積み上げていくことが、結果として一番手取りを増やす近道です。